Umirjanje je pomembna tehnika za odkrivanje specifičnih sekvenc DNA, RNA in beljakovin iz njihovih mešanic v molekularni biologiji. To se naredi z membrano, imenovano blot. Obstajajo različne tehnike za pikanje, kot so blokanje s severa, juga in zahoda. Izbira ustrezne membrane za postopek piranja je treba skrbno narediti, da preprečimo nespecifično vezavo in napačne zaznave. Nitroceluloza, najlon in PVDF so najpogosteje uporabljene membrane v tehnikah blotranja. Imajo različne značilnosti. Ključna razlika med nitrocelulozo in najlonsko membrano je v tem membrane iz nitroceluloze imajo visok potencial imobilizacije beljakovin ker najlonske membrane imajo velik potencial imobilizacije nukleinske kisline. Vendar se obe vrsti membran pogosto uporabljata pri tehnikah pikanja.
VSEBINA
1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je nitrocelulozna membrana
3. Kaj je najlonska membrana
4. Primerjava ob strani-nitroceluloza in najlonska membrana
5. Povzetek
Nitrocelulozna membrana je pogosto uporabljen membranski filter v tehnikah nukleinske kisline in beljakovin. Ima visok potencial vezave na beljakovine. Zato se nitrocelulozne membrane široko uporabljajo v tehniki zahodnega pleskanja. Nitrocelulozne membrane so združljive z vsemi hibridizacijskimi tehnikami in kažejo vrhunsko sposobnost vezave brez motenj. Nitrocelulozne membrane so po naravi hidrofilne. Izvedejo hidrofilno interakcijo z molekulami in jih učinkovito imobilizirajo na membrano. Komercialne nitrocelulozne membrane so na voljo v dveh velikostih por: 0,45 in 0,2 µm.
Slika 01: Nitrocelulozna membrana, ki se uporablja pri zahodnem peskanju
Najlonska membrana je še ena vrsta komercialnih membran, ki se uporabljajo v tehnikah pikanja. Alternativno se uporablja z nitroceluloznimi membranami za južno in severno pikanje. Najlonske membrane so zaradi visoke afinitete do vezave z DNK idealne za južni blot kot nitroceluloza. Zaradi več edinstvenih lastnosti najlonskih membran raziskovalci pogosto uporabljajo najlonske membrane za južno in severno pikanje namesto preko nitrocelulozne membrane. Najlonske membrane se priporočajo tudi za odstranjevanje in reprogramiranje, za razliko od nitroceluloze.
Slika 02: Najlonska membrana, ki se uporablja za južno pikanje
Nitroceluloza vs najlonska membrana | |
Nitrocelulozne membrane so krhke. | Najlonske membrane so manj krušne. |
Ravnanje | |
Težko so kos. | Z njimi je enostavno rokovanje. |
Zadeva | |
Nepodprtih nitroceluloznih membran je težko oporekati. | Zlivanje je enostavno z najlonskimi membranami. |
Združljivost z različnimi pogoji skladiščenja | |
Nitrocelulozne membrane imajo manj trdnosti, da prenesejo različne pogoje skladiščenja. | Najlonske membrane se močneje odzivajo na različne pogoje skladiščenja. |
Uporaba | |
Predhodno vlaženje je potrebno. | Predlonsko vlaženje ni potrebno za najlonske membrane. |
Hidrofilna narava | |
Nitrocelulozne membrane so hidrofilne narave, vendar so manj hidrofilne kot najlonske membrane. | So zelo hidrofilne narave. |
Potencial imobilizacije | |
Nitrocelulozne membrane imajo manjše afinitete do nukleinskih kislin. Ima pa visoko afiniteto do beljakovin. | Najlonske membrane imajo velik potencial vezave z nukleinskimi kislinami kot nitrocelulozne membrane. |
Nitrocelulozne in najlonske membrane so posebni listi, ki se uporabljajo v tehniki blotranja za reprodukcijo pasu vzorca na gelu. Omogočajo možnost zaznavanja določenega zaporedja ali proteina iz zmesi, tako da jih imobilizirajo na membrani. Ko so molekule imobilizirane na membrani, jih lahko uporabimo kot substrat za hibridizacijsko analizo z označenimi sondami. Nitrocelulozna membrana se pogosto uporablja za odkrivanje beljakovin v tehniki Western blotting zaradi visoke afinitetne vezave z beljakovinami. Najlonske membrane se pogosto uporabljajo za južno in severno pleskanje. To je razlika med nitrocelulozno in najlonsko membrano.
Reference:
1. Hayes, P. C., C. R. Wolf in J. D. Hayes. "Metode pilota za preučevanje DNK, RNK in beljakovin." BMJ: British Medical Journal. Ameriška nacionalna medicinska knjižnica, 14. oktober 1989. Splet. 07. april 2017
2. Mahmood, Tahrin in Ping-Chang Yang. "Western Blot: tehnika, teorija in odpravljanje težav." Severnoameriški časopis za medicinske vede. Medknow Publikacije & Media Pvt Ltd, september 2012. Splet. 07. april 2017
Vljudnost slik:
1. "Western blot transfer" avtorja Bensaccount na angleški Wikipediji (CC BY 3.0) prek Wikimedije Commons