Razlika med AFLP in RFLP

Ključna razlika - AFLP proti RFLP
 

Študije DNK imajo ogromen pomen pri razumevanju in določanju filogenetskih razmerij, diagnosticiranju genetskih bolezni in preslikavi genomov organizma. Več tehnik, povezanih z analizo DNK, se uporablja tudi za identifikacijo določenega gena ali zaporedja DNK v skupini neznanih DNK. Znani so kot molekularni markerji. Polimorfizem ojačane dolžine fragmentov (AFLP) in Polimorfizem dolžine omejevalnega fragmenta (RFLP) sta dva taka molekularna markerja (metode), razvita v molekularni biologiji za odkrivanje genske variacije med organizmi. Obe metodi sta enako pomembni in imata prednosti in slabosti. Ključna razlika med AFLP in RFLP je v tem AFLP vključuje selektivno PCR amplifikacijo prebavljene DNK, medtem ko RFLP ne vključuje selektivne PCR amplifikacije fragmentov DNK.

VSEBINA
1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je AFLP
3. Kaj je RFLP
4. Primerjava ob strani - AFLP proti RFLP
5. Povzetek

Kaj je AFLP?

AFLP (polimorfizem dolžine ojačenih fragmentov) je pomembno orodje v molekularni biologiji in se široko uporablja pri analizi genske variacije. AFLP temelji na specifični PCR amplifikaciji razdrobljene genomske DNK in odkrivanju polimorfizma z avtoradiografijo z gel elektroforezo. AFLP široko prispeva k ugotavljanju genetskih razlik v sevih ali tesno povezanih vrstah različnih kraljestev, vključno z rastlinami, živalmi, bakterijami in glivami. AFLP lahko izvedemo z majhnimi količinami neznanih vzorcev DNK. Ne zahteva predhodnega poznavanja zaporedja in načrtovanja sond.

Koraki AFLP

1. Izolacija DNK
2. Prebava DNK z restrikcijskimi endonukleazami
3. Ligacija omejenih fragmentov DNK z adapterji
4. Selektivna amplifikacija fragmentov s specifičnimi restrikcijskimi mesti
5. Ločevanje PCR produktov z gel elektroforezo
6. Vizualizacija gel matrice z avtoradiografom

AFLP je bolj občutljiva in ponovljiva metoda, ki se lahko uporablja pri profiliranju DNK več taksonov, vključno z glivami, bakterijami, rastlinami in živalmi brez predhodnega poznavanja zaporedja DNK. Pomaga pri ugotavljanju majhnih razlik med posamezniki v populaciji zaradi svoje zelo občutljive narave. AFLP je pomemben tudi pri kartiranju genomov, forenzičnih študijah, starševskih testiranjih, genotipizaciji itd.

Slika 01: AFLP

Kaj je RFLP?

Polimorfizmi z omejenimi fragmenti (RFLP) so tehnika, ki se uporablja za odkrivanje genetskih sprememb v homolognih zaporedjih DNK. Je prva metoda, razvita za profiliranje DNK. Organizmi imajo edinstvene DNK prstne odtise ali DNK profile. RFLP služi kot pomembno orodje za analizo variacij med profili DNK intraspecifičnih ali tesno povezanih organizmov, saj imajo homologna zaporedja različna mesta (lokacije) za omejitev, ki so značilna za določen organizem. Ko se homologna DNA prebavi s specifičnimi restrikcijskimi endonukleazami, bo to povzročilo različne profile DNK, ki so edinstveni za vsakega posameznika. Zato je glavna metoda te metode odkrivanje genske variacije med organizmi z omejevanjem homologne DNA s specifičnimi restrikcijskimi encimi in analiza polimorfizma dolžine fragmentov z gel elektroforezo in blot. Vzorci piranja so edinstveni za vsak organizem in označujejo posebne genotipe.

Koraki RFLP

1. Izolacija zadostne količine DNK iz vzorcev
2. Razdrobljenost vzorcev DNK s specifično restrikcijsko endonukleazo v kratko zaporedje
3. Ločene rezance z različnimi dolžinami ločimo z elektroforezo gela z agarozo.
4. Prenos gelnega profila v membrano z južnim blontom

5. Hibridizacija membrane z označenimi sondami in analiza polimorfizma dolžine fragmenta v vsakem profilu

RFLP je zelo pomembna tehnika odkrivanja dedovanja bolezni in ugotavljanja tveganja za pojav bolezni med družinskimi člani. RFLP se pogosto uporablja tudi pri kartiranju genomov, identificiranju kriminalcev v forenziki, testiranju očetovstva itd. RFLP ima tudi več omejitev. RFLP zahteva predhodno poznavanje podatkov o zaporedju za načrtovanje sond za hibridizacijo. Za analizo je potrebno tudi izoliranje zadostne količine DNK iz vzorca, kar je v forenzičnih študijah težko.

Slika 01: RRFLP preslikava

Kakšna je razlika med AFLP in RFLP?

ALFP vs RFLP
AFLP vključuje selektivno PCR amplifikacijo prebavljene DNK.	RFLP ne vključuje PCR, razen če gre za PCR-RFLP.
Znanje v sekvenci
Predznanje o zaporedju ni potrebno.	Za načrtovane RFLP sonde je potrebno predhodno poznavanje zaporedja.
Zanesljivost
To je bolj zanesljivo.	To je manj zanesljivo v primerjavi z AFLP.
Učinkovitost pri odkrivanju polimorfizma
To ima večjo učinkovitost pri odkrivanju polimorfizma kot RFLP.	To je v primerjavi z AFLP manj učinkovito.
Cena
To je v primerjavi z RFLP malo dražje.	To je v primerjavi z AFLP ceneje.
Prijave
AFLP so bili uporabljeni za kartiranje genomov, odvzemanje prstnih odtisov DNK, študije genetske raznolikosti, testiranje očetovstva in forenziko	RFLP analiza je pomembno orodje za kartiranje genomov, lokalizacijo genov za genetske motnje, določitev tveganja za bolezen in testiranje očetovstva.

Povzetek - AFLP proti RFLP

AFLP in RFLP sta dve tehniki, ki se uporabljata kot genetski markerji za ocenjevanje raznolikosti in oceno genetskih razmerij v molekularni biologiji. AFLP služi kot učinkovita in občutljiva metoda za odkrivanje genetskega polimorfizma med organizmi kot RFLP. Kljub temu, da imata obe metodi različno učinkovitost pri odkrivanju genetskih sprememb, se še vedno uporabljata za odvzem prstnih odtisov DNK in diagnozo bolezni.

Referenca:
'1. Garcia, Antonio A. F., Luciana L. Benchimol, Antônia M. M. Barbosa, Isaias O. Geraldi, Souza Jr. Cláudio L. in Anete P. De Souza. „Primerjava markerjev RAPD, RFLP, AFLP in SSR za študije raznolikosti v črtah tropske koruze. Genetika in molekularna biologija. Sociedade Brasileira de Genética, 2004. Splet. 19. marec 2017
2. "Polimorfizem dolžine omejevalnega fragmenta (RFLP)." Nacionalni center za informacije o biotehnologiji. Ameriška nacionalna medicinska knjižnica, n.d. Splet. 19. marec 2017
3. Masiga D. K. in Turner C. M. (2004). Analiza „ojačane (restriktivne) fragmentize dolžine fragmentov (AFLP)“. Metode Mol Biol: 270: 173-86. NCBI. Splet. 19. marec 2017

Vljudnost slik:
1. "ALFP" avtor Barbarossa iz nizozemske Wikipedije - Premeščen iz nl.wikipedia v Commons. (Javna domena) prek Wikimedije Commons
2. "RFLP preslikava" avtorja Retama - Lastno delo (GFDL) prek Wikimedije Commons