V preteklosti, arhee so bili uvrščeni med bakterije in so bili poklicani arhebakterije. Vendar je bilo odkrito, da imajo arheje izrazito evolucijsko zgodovino in biokemijo v primerjavi z
Do sredine 20. stoletja so biologi vse živo bitje razvrstili kot rastlino ali žival. Toda ta sistem ni uspel zajeti gliv, protetikov in bakterij. Tako se je do 70. let prejšnjega stoletja klasifikacijski sistem razvil v pet kraljevin - prokariote (bakterije) in evkariote (rastline, živali, glive, protisti). Za evkariote je značilna prisotnost jeder, citoskeletov in notranjih membran v njihovih celicah.
V poznih sedemdesetih letih prejšnjega stoletja je dr. Carl Woese in njegovi kolegi z univerze v Illinoisu identificiral skupino mikroorganizmov, katerih genetska sestava se je močno razlikovala od drugih bakterij. Tako so prokariotsko življenje razdelili na tisto, kar so poklicali arhebabakterije in evbakterije. Vendar so pozneje ugotovili, da so bile arhaične bakterije dovolj različne, da sploh niso bakterije. Tako so se skupine preimenovale v arhee in bakterije.
Drevo življenja, ki prikazuje klasifikacijo vseh živih organizmov.Tako arheje kot evbakterije so podobne oblike in velikosti. Obe najdemo kot palice, kaki, spirale, plošče ali zvite.
Splošna celična struktura arhej in bakterij je enaka, vendar sestava in organizacija nekaterih struktur razlikujejo pri arhejah. Podobno kot bakterije tudi arheje nimajo notranjih membran, vendar imajo obe celično steno in za plavanje uporabljajo flagele.
Archaea se razlikujeta v tem, da njihova celična stena ne vsebuje peptidoglikana in celična membrana uporablja eter povezane lipide v nasprotju z estri, povezanimi v bakterijah.
Archaea flagella se je razvila iz bakterijskih pilijev tipa IV, medtem ko so se bakterijske flagelle razvile iz sekrecijskega sistema tipa III. Bakterijski prašič je kot pecelj, ki je votel in je sestavljen iz podenot, ki se lahko premikajo navzgor po osrednji porah in dodajo na vrh flagele, medtem ko se v arhejih podrejenice flagela dodajo v osnovo.
Archaea razmnoževati aseksualno s postopkom binarne cepitve, brstenja in razdrobljenosti. Eubakterije razmnoževati se aseksualno z binarno cepitvijo, brstenjem, razdrobljenostjo, vendar imajo evbakterije edinstveno sposobnost, da tvorijo spore, da bi skozi leta ostale mirne, značilnost, ki je Archaea ne razkriva. Rast bakterij sledi v treh fazah, faza zamika, ko se celice prilagodijo novemu okolju, log fazna oznaka eksponentna rast in stacionarna faza, ko se hranila izčrpajo.
Archaea lahko preživijo v ekstremnih in surovih okoljih, kot so vroči vrelci, slana jezera, močvirja, oceani, črevesje prežvekovalcev in ljudje. Eubakterije so vseprisotne in jih najdemo v zemlji, vročih izvirih, radioaktivni odpadni vodi, zemeljski skorji, organskih snoveh, telesih rastlin in živali itd..