Razlika med sekvenciranjem celotnega genoma in sekvenciranjem genomov

The ključna razlika med sekvenci celotnega genoma in eksemomskim zaporedjem je, da je cela sekvence sekvenciranja genomov sestavljajo celoten genom organizma, medtem ko sekvence sekvenc exome vključujejo samo eksome ali gene, ki kodirajo beljakovine v organizmu.

Sekvenciranje je tehnika, ki določa natančen vrstni red nukleotidov v določeni molekuli DNK. Le odraža pravilen vrstni red štirih podlag; adenin (A), gvanin (G), citozin (C) in timin (T) v fragmentu DNK. Obstaja več načinov sekvenciranja, kot so Sangerjevo sekvenciranje, zaporedje naslednje generacije itd. Poleg tega lahko zaporedje izvede celoten genom organizma (celoten sekvenciranje genoma) ali samo geni, ki kodirajo beljakovine v genomu (exome sekvenciranje).

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je sekvenca celotnega genoma
3. Kaj je Exome sekvenciranje
4. Podobnosti med sekvenciranjem celotnega genoma in sekvenciranjem genomov
5. Primerjava drug ob drugem - Sekvenciranje celotnega genoma v primerjavi z nekome v tabeli
6. Povzetek

Kaj je sekvenca celotnega genoma?

Človeški genom vsebuje skoraj tri milijarde baznih parov DNK. Sekvenciranje celotnega genoma je metoda, ki zaporedja celoten genom organizma. Zato je pri celovitem sekvenciranju genoma razmislek o celotni zbirki molekul DNK, vključno z eksomi, introni, intergenimi prostori itd. Poleg tega celotna sekvenca genomov ni samo genom, ki prebiva znotraj jedra, ampak tudi mitohondrijska DNK..

Slika 01: Sekvenciranje celotnega genoma

Pri pripravi na to zaporedje je prvi korak ekstrakcija celotne DNK. Nato ekstrahirana DNA opravi postopek sekvenciranja z uporabo ustrezne metode sekvenciranja. Z analizo dobljenih zaporedij z uporabo bioinformatičnega orodja lahko ugotovimo redke bolezni, raka, nalezljive bolezni itd..

Kaj je Exome sekvenca?

Exome je del genoma, ki vsebuje približno 1,5% genoma, in je zbirka eksonov. Eksoni so zaporedja, ki se prepisujejo v mRNA in nato v končni protein. Torej, exome sekvenciranje zaporedja celotnih sekvenc, ki kodirajo beljakovine, v genomu. Zgodovinsko zaporedje razkriva genetske motnje, saj večina genetskih motenj nastane zaradi mutacij genov, ki kodirajo beljakovine. Zato diagnostični procesi genetskih motenj pogosto uporabljajo zaporedje exome kot metodo za diagnosticiranje bolezni. Tudi pri primerjanju s celotno aplikacijo za sekvenciranje genomov za genetsko testiranje traja exome zaporedje manj časa in je cenejše.

Slika 02: Sekvenciranje nekje

Pri sekvenci exome je najprej treba izbrati samo sekvence, ki kodirajo beljakovine, iz celotne DNK. Upoštevajte, da ima človek približno 180000 sekvenc, ki kodirajo beljakovine. Nato se exome sekvencira z uporabo metode sekvenciranja z visoko propustnostjo.

Kakšne so podobnosti med sekvenciranjem celotnega genoma in sekvenciranjem genomov?

• Sekvenciranje celotnega genoma in sekvenciranje genomov sta dve aplikaciji zaporedja.
• Obe metodi sta uporabni pri določanju pravilnega vrstnega reda nukleotidnega zaporedja pri obeh metodah.
• Prav tako bioinformatika pomaga pri obeh tehnikah za analizo podatkov.

Kakšna je razlika med sekvenciranjem celotnega genoma in sekvenciranjem genomov?

Sekvenciranje celotnega genoma sekvencira celotno DNK genoma v organizmu, medtem ko sekvence sekvenc eksomov predstavljajo samo zaporedja, ki kodirajo protein iz genoma. Zato je to temeljna razlika med sekvenciranjem celotnega genoma in sekvenco exome. Čeprav se obe metodi široko uporabljata za določitev pravilnega vrstnega reda nukleotidnega zaporedja, je celotno sekvenca genoma draga in zamudna kot zaporedje exome.

Spodnja infografska tabela prikazuje razliko med zaporedji celotnega genoma in sekvencami exome.

Povzetek - Sekvenciranje celotnega genoma proti sekvenciranju nekje

Sekvenciranje razkriva natančen vrstni red baz v fragmentu DNK in je lahko celo sekvenca genoma ali pa eksome sekvenca. Tukaj celotno genomsko sekvenciranje zaporedja celoten genom organizma, medtem ko sekvence sekvenc exome le gensko kodirajoče sekvence v genomu. Glede na njihovo uporabo je celotno sekvenciranje genomov koristno pri analizi genetskih aberacij, kot so enotne nukleotidne variacije, delecije, vstavitve itd. V celotnem genomu, medtem ko je sekvenca exome koristna pri odkrivanju genetskih bolezni. Zato je to razlika med sekvenciranjem celotnega genoma in sekvenco exome.

Referenca:

1. "Sekvenciranje celotnega genoma v primerjavi s celotnim ekstomom v primerjavi s ciljno usmerjenimi ploščami." Healio, SLACK Incorporated. Na voljo tukaj  
2. "Kaj so celotna sekvenca eksomezov in sekvenca celotnega genoma? - Domača referenca za genetiko - NIH. " Ameriška nacionalna medicinska knjižnica, Nacionalni inštituti za zdravje. Na voljo tukaj  

Vljudnost slik:

1. "Zaporedje celih genomskih pušk v primerjavi s hierarhičnim sekvenciranjem pušk" By Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - "Računalniške biološke metode in njihova uporaba v primerjalni genomiki endocelularnih simbiotskih bakterij žuželk." (CC BY-SA 2.5) prek Wikimedije Commons  
2. "Exome Sequiting Workflow 1a" avtorja SarahKusala - Lastno delo, (CC BY 3.0) prek Commons Wikimedia