Razlika med VNTR in STR

Ključna razlika - VNTR proti STR
 

Študije DNK imajo ogromno koristnost pri razumevanju in določanju filogenetskih razmerij, diagnosticiranju genetskih bolezni in preslikavi genomov organizma. Več tehnik, povezanih z analizo DNK, se uporablja za identifikacijo določenega gena ali zaporedja DNK v skupini neznanih DNK. Znani so kot genetski markerji. Genetski markerji se v molekularni biologiji uporabljajo za ugotavljanje genske variacije med posamezniki in vrstami. Spremenljivo število tandemskih ponovitev (VNTR) in kratko tandemno ponavljanje (STR) sta dve vrsti genetskih markerjev, ki kažeta polimorfizem med posamezniki. Obe vrsti sta nekodirni ponavljajoči se DNK, ki sta v tandemu ponavljajoči se. V kromosomih so razporejene od glave do repa. VNTR je odsek genoma, kjer se kratka nukleotidna sekvenca večkrat ponovi. STR je še en odsek DNK v genomu, ki je organiziran kot ponavljajoče se enote, sestavljene iz dveh do trinajst nukleotidov v stokrat. Ključna razlika med VNTR in STR je število nukleotidov v ponavljajočem se zaporedju. Ponavljajoče se enote VNTR sestavljajo od 10 do 100 nukleotidov, ponavljajoča enota STR pa 2 do 13 nukleotidov. VNTR in STR se pogosto uporabljata v forenzičnih študijah.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je VNTR 
3. Kaj je STR
4. Podobnosti med VNTR in STR
5. Primerjava ob strani - VNTR proti STR v tabeli
6. Povzetek

Kaj je VNTR?

Ponovitev v tandemu je kratko zaporedje DNK, ki se ponavlja na glavo od repa do določenega kromosomskega lokusa. V ponovitvi tandema ni nobenega drugega zaporedja ali nukleotida. V genomu obstaja več vrst ponovitev tandema. VNTR je vrsta ponavljanja v tandemu, ki ima ponavljajoče se enote, sestavljene iz 10 do 100 nukleotidov. VNTR je vrsta mini satelita. Te ponovitve v tandemu lahko najdemo v številnih kromosomih. Presejajo se v človeški genom in se nahajajo pretežno v subtelomernih območjih kromosomov.

 VNTR-ji kažejo tandem ponovitev polimorfizma med posamezniki. Dolžina VNTR na določenem mestu kromosoma je med posamezniki zelo spremenljiva zaradi variacije v številu ponavljajočih se enot, organiziranih v tem odseku DNK. Zato se lahko VNTR uporablja kot močno orodje za identifikacijo posameznikov, analiza VNTR pa se uporablja na mnogih področjih, vključno z genetiko, biološkimi raziskavami, forenziko in tiskanjem prstnih odtisov DNK. VNTR so bili prvi genetski markerji, ki so bili uporabljeni za količinsko določitev presaditve kostnega mozga. VNTR so bili tudi prvi polimorfni markerji, uporabljeni pri profiliranju DNK v forenziki.

Slika 01: Različica VNTR pri šestih osebah

VNTR analiza se izvede prek polimorfizma z restrikcijskimi fragmenti, ki mu sledi južna hibridizacija. Zato potrebuje primerjalno velik vzorec DNK. Problematična je tudi razlaga profila VNTR. Zaradi teh omejitev je bila uporaba VNTR v forenzični genetiki omejena in jo nadomesti STR analiza.

Kaj je STR?

STR je zelo ponavljajoč odsek DNK, ki ga sestavljajo dve do trinajst nukleotidnih ponavljajočih se enot, organiziranih v tandemu. STR je podoben VNTR. Toda VNTR se razlikuje od števila nukleotidov v ponavljajočem se zaporedju in števila ponovitev. STR je vrsta mikrosatelita.

Analiza STR, vključena v merjenje natančnega števila ponavljajočih se enot. STRS so med posamezniki zelo spremenljivi, podobno kot VNT. STR profili se razlikujejo od osebe do osebe. Zato se v molekularni biologiji STR analiza uporablja za primerjavo specifičnih lokusov na DNK iz dveh ali več vzorcev. Zato STR v molekulski biologiji veljajo za močne genetske markerje. Omogoča odlično orodje za identifikacijo posameznikov zaradi visoke stopnje polimorfizma in sorazmerno kratke dolžine.

Trenutno je STRS najpogosteje uporabljeno analizirano orodje genetskega polimorfizma v forenzični genetiki. Večina forenzičnih primerov vključuje polimorfno analizo STR. Lokusi STR so razširjeni po celotnem genomu. V kromosomih je na tisoče STR, ki jih je mogoče uporabiti pri forenzični analizi. Analiza STR ne vključuje polimorfizma restriktivne dolžine, kot je analiza VNTR. Analiza STR ne zmanjša DNK z restrikcijskimi encimi. Specifične sonde se uporabljajo za pritrditev želenih regij na DNA in s tehniko PCR določajo dolžine STR.

Slika 02: Sprememba STR med vzorci

Kakšne so podobnosti med VNTR in STR?

• VNTR in STR nekodirata DNK.
• Oba sta v tandemu ponavljanja.
• Obe kažeta polimorfizem med posamezniki zaradi razlike v dolžini odseka DNK.
• Oba se uporabljata kot močna genetska markerja pri tiskanju prstov na DNK in v forenzičnih raziskavah.

Kakšna je razlika med VNTR in STR?

VNTR proti STR
VNTR je nekodirajoča se ponavljajoča DNK, ki ima kratko nukleotidno zaporedje, ponovljeno v tandemu.	STR je zelo ponavljajoč odsek DNK, ki ga sestavljajo dve do trinajst nukleotidnih ponavljajočih se enot, organizirane v tandemu.
Velikost
VNTR so večji od STR.	STR-ji so manjši od VNTR-jev.
Število nukleotidov v ponavljajoči se sekvenci
Ponavljajoča enota VNTR je sestavljena iz 10 do 100 nukleotidov.	Ponavljajoča enota STR je sestavljena iz 2 do 13 nukleotidov.

Povzetek - VNTR proti STR

VNTR in STR sta dva močna genetska markerja, ki se uporabljata v molekularni biologiji, zlasti na področju forenzične genetike. VNTR je vrsta mini satelita, STR pa mikrosatelit. VNTR in STR sta nekodirana, zelo ponavljajoča se DNK. So tandemske ponovitve. Splošna struktura VNTR in STR je enaka. Vendar pa sta število nukleotidov v ponavljajočem se zaporedju in dolžina različna. VNTR ima ponavljajoče sekvence, sestavljene iz 10 do 100 nukleotidov. STR ima ponavljajoče sekvence, sestavljene iz 2 do 13 nukleotidov. To je razlika med VNTR in STR.

Prenos PDF različice VNTR proti STR

Lahko prenesete PDF različico tega članka in jo uporabljate za namene brez povezave v skladu z navedbami. Prenesite PDF različico tukaj Razlika med VNTR in STR.

Reference:

1. "Znanost o forenzični genetiki." CRG - Svet za odgovorno genetiko. N.p., n.d. Splet. Na voljo tukaj 10. julij 2017.
2. "STR analiza." Wikipedija. Wikimedia Foundation, 22. marec 2017. Splet. Na voljo tukaj 10. julij 2017.

Vljudnost slik:

1. "D1S80Demo" avtorja PaleWhaleGail na angleški Wikipediji (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia