Razlika med VNTR in sondo

The ključna razlika med VNTR in sondo je to VNTR je kratko nukleotidno zaporedje, ki se pojavlja kot ponovitev v tandemu v genomu, medtem ko je sonda umetno sintetizirano kratko zaporedje DNA ali RNA, ki bi ga lahko radioaktivno označili.

VNTR označuje ponovitev tandema s spremenljivo številko. Gre za kratko nukleotidno zaporedje, organizirano v tandemskih ponovitvah v genomu. VNTR se naravno pojavljajo v našem genomu. Sonda je umetno sintetizirano zaporedje kratke DNK ali RNK. Tako sonda kot VNTR sta nukleinski kislini ali kratka nukleotidna zaporedja. Ogromno uporabljajo v različnih molekularno-bioloških tehnikah, predvsem v forenzičnih študijah. VNTR in sonda imata nekaj podobnosti kot tudi razlik. Zato članek poskuša izpostaviti razliko med VNTR in sondo.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je VNTR
3. Kaj je sonda
4. Podobnosti med VNTR in sondo
5. Primerjava drug ob drugem - VNTR proti sondi v tabeli
6. Povzetek

Kaj je VNTR?

VNTR je kratko nukleotidno zaporedje, ki obstaja kot ponovitev v tandemu v našem genomu. VNTR so prisotni v številnih kromosomih. Poleg tega se VNTR pri različnih posameznikih razlikujejo glede na dolžino, saj je število ponovitev pri VNTR pri različnih ljudeh različno. V osnovi gre za alele, ki so jih podedovali od svojih staršev. Zato VNTR uporabljamo predvsem za starševske identifikacije (dedovanje) ali za osebne namene. Podobno jih je mogoče uporabiti tudi pri genetiki, forenziki, bioloških raziskavah in prstnem odtisu DNK. Zato je VNTR pomembno orodje v molekularni biologiji.

Slika 01: VNTR

Pri dedovanju analiziramo podatke VNTR z uporabo dveh osnovnih načel: ujemanje dedovanja in ujemanje identitete. Med ujemanjem dedovanja mora posameznik imeti alel za ujemanje s starši vsakega od staršev. Med ujemanjem identitete morata biti oba alela VNTR prisotna na določenem mestu genoma.

Kaj je sonda?

V okviru molekularne biologije je sonda umetno sintetiziran fragment DNA ali RNA z dolžino od 100 do 1000 baz. Te sonde lahko radioaktivno označimo. Zato jih uporabljamo pri odkrivanju ciljnih nukleotidnih sekvenc, ki so komplementarne zaporedju sonde. Ko vzorcu dodamo sonde, pride do hibridizacije s komplementarnimi sekvencami ali ciljnimi sekvencami in nam olajša identifikacijo ciljnih zaporedij. Ker sonde prenašajo radioaktivnost, jih lahko preprosto zaznamo.

Slika 02: Sonda

V forenzični znanosti običajno uporabljamo sonde v tehniki profiliranja DNK, kot so odkrivanje kratkih regij v tandemu, ponavljajoči se polimorfizmi z dolžino omejevalnega fragmenta in odtis prsta na DNK.

Kakšne so podobnosti med VNTR in sondo?

• Nukleinske kisline so gradniki VNTR in sonde.
• Uporabljamo jih pri procesih genske identifikacije.
• Obe dolžini sta tudi spremenljivi.
• So pomembna orodja v forenzičnih študijah, odvzemu prstnih odtisov DNK, genetiki itd.

Kakšna je razlika med VNTR in sondo?

VNTR je območje genoma, ki je organizirano, ko se tandem ponavlja, medtem ko je sonda kratko zaporedje DNK ali RNK, umetno sintetizirano z namenom odkriti ciljne sekvence v vzorcu. Torej, to je ključna razlika med VNTR in sondo. Pomembna razlika med VNTR in sondo je tudi ta, da lahko v nasprotju z VNTR sonde radioaktivno označimo.

Poleg tega VNTR večinoma izvajajo starševsko identifikacijo, medtem ko sonde pomagajo odkriti ciljne nukleotidne sekvence v vzorcih DNA ali RNA, ki so komplementarni zaporedju sonde. To je tudi pomembna razlika med VNTR in sondo.

Naslednja infografija prikazuje več informacij o razliki med VNTR in sondo.

Povzetek - VNTR proti sondi

Običajna uporaba VNTR in sonde je v tehnikah molekularne analize, kot so forenzične študije in odvzemanje prstov na DNK. Obe sta sestavljeni iz spremenljivih dolžin. Ključna razlika med VNTR in sondo je v tem, da je VNTR območje genoma, razporejeno s ponovitvami v tandemu, medtem ko je sonda fragment DNA ali RNA, ki bi ga lahko radioaktivno označili. Še več, VNTR so prisotni v genomu. Sonde pa so umetno sintetizirane in bi jih lahko radioaktivno označili za odkrivanje ciljnih nukleotidnih sekvenc v vzorcih DNK ali RNK, ki so komplementarni zaporedju v sondi. Tako je to povzetek razlike med VNTR in sondo.

Referenca:

1. "Spremenljivo število ponovitev tandema (VNTR) in njegova uporaba v bakterijski epidemiologiji." Science Alert: Journal, dostopen tukaj.
2. "DNK sonda." Nature News, Nature Publishing Group, na voljo tukaj.

Vljudnost slik:

1. "D1S80Demo" avtorja PaleWhaleGail na angleški Wikipediji (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia
2. "Molekularni svetilniki" (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia