Razlika med SYBR Green in Taqmanom

Ključna razlika - SYBR Green proti Taqmanu
 

SYBR Green in Taqman sta dve metodi, ki se uporabljata za zaznavanje ali opazovanje procesa amplifikacije PCR v realnem času. SYBR Green je metoda, ki temelji na interkaliranju barvila z nukleinsko kislino, medtem ko je Taqman metoda, ki temelji na sondi za hidrolizo. Obe tehnologiji sta zasnovani tako, da med PCR ustvarjata fluorescenco, ki PCR napravi v realnem času omogoča spremljanje reakcije v "realnem času". SYBR Green metoda se izvaja s fluorescentnim barvilom, imenovanim SYBR green, in zazna ojačanje z vezavo barvila na proizvedeno dvojno verižno DNK. Taqman se izvaja z dvojno označenimi sondami in zazna ojačanje z degradacijo sonde s Taq polimerazo in sproščanjem fluorofore. To je ključna razlika med SYBR Green in Taqmanom.

VSEBINA
1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je SYBR Green
3. Kaj je Taqman
4. Primerjava ob strani - SYBR Green proti Taqmanu
5. Povzetek

Kaj je SYBR Green?

SYBR Green je fluorescentno barvilo, ki se uporablja za obarvanje nukleinskih kislin, zlasti z dvojno verigo DNK v Molekularni biologiji. SYBR Green metoda se uporablja za količinsko opredelitev izdelkov PCR med PCR v realnem času. Ko se veže z DNK, nastali kompleks barvila DNA absorbira modro svetlobo in oddaja močno zeleno svetlobo. To se zgodi zaradi strukturne spremembe, ki se pojavi v molekuli barvila ob vezavi z dvojno verigo DNK. Ko PCR ustvarja vse več DNK, se več molekule barvil veže z DNK, kar ustvarja več fluorescence. Zato se fluorescenca poveča z akumulacijo izdelka PCR. Zato lahko količino izdelka PCR količinsko izmerimo z odkrivanjem fluorescence SYBR Green.

SYBR zeleno barvilo se lahko uporablja tudi za označevanje DNK v citometriji in fluorescentni mikroskopiji. Etidijev bromid je uspešno nadomestil SYBR Green, saj je Ethidium bromid kancerogena barvila, ki imajo težave z odstranjevanjem med vizualizacijo DNK v gel elektroforezi.

Prednosti in slabosti metode SYBR green so prednosti in slabosti. Ta metoda je zelo občutljiva, poceni in enostavna za uporabo. Zaradi nesposobnosti vezave na katero koli dvoverižno DNK pa lahko nespecifična vezava povzroči čezmerno količinsko opredelitev izdelka PCR.

Slika 01: SYBR zelena tehnika

Kaj je Taqman?

Taqman je alternativna metoda SYBR Green za spremljanje PCR procesa v realnem času. Ta metoda je odvisna od aktivnosti 5 '- 3' eksonukleaze encima Taq polimeraze za razgradnjo sond med podaljšanjem novega sklopa in sproščanjem fluorofore. Pri tej metodi se uporabljajo sonde z dvojno oznako in temeljijo na hidrolizi sond. Sonde so fluorescentno označeni DNK oligonukleotidi, ki imajo na 5 'koncu fluorescentno reporterjsko molekulo (fluorofor) in na 3' koncu molekulo dušenja. Zasnovani so tako, da se vežejo na enojno navojno šablono na nasprotni strani temeljnega odzračevanja. Taq polimeraza dodaja nukleotide na temeljni premaz in razširi novo nit proti sonde z dvojno oznako. Ko se polimeraza Taq sreča s sondo, aktivacija eksonukleaze Taq polimeraze sondo aktivira in razgradi. Ko konča sintezo novega sklopa, se sonda podvrže popolni razgradnji in sprosti fluorofor. Sproščanje fluoroforja ustvarja fluorescenco. Fluorescentna molekula učinkovito duši izpuščeno svetlobo in ustvarja izhod za količinsko opredelitev izdelka PCR. Sprostitev fluorofor in količina PCR produktov sta sorazmerna. Zato je mogoče kvantifikacijo enostavno opraviti z metodo Taqman.

Slika 02: Taqman metoda

Taqmanova metoda se uporablja v PCR v realnem času, kvantifikacija izražanja genov, odkrivanje genetskih polimorfizmov, količinsko določanje delecij kromosomske DNK, identifikacija bakterij, preverjanje mikroarnostnih analiz, genotipizacija SNP itd..

Kakšna je razlika med SYBR green in Taqmanom?

SYBR Green proti Taqmanu
SYBR Green temelji na barvili za vezavo DNK.	Taqman je odvisen od hibridizacijskih sond in 5 'do 3' eksonukleazne aktivnosti Taq polimeraze.
Fluorescentno označene sonde
Nobene sonde, ki so označene s fluorescenco.	Sonde z dvojno oznako so potrebne.
Multipleksna genska analiza
Ni ga mogoče uporabiti za multipleks genske tarče.	Lahko se uporablja za multipleks genske tarče.
Cena
To je ceneje.	To je dražje.
Specifičnost
Ta je manj specifična in se veže s katero koli DNK z dvojnim pramenom	Ti so zelo specifični, saj sonde zaznajo specifične ojačevalne produkte.
Učinkovitost
To je manj učinkovito.	To je zelo učinkovito.
Uporaba
Uporablja se pri PCR v realnem času, vizualizaciji agaroznega gela, označevanju DNA itd.	Uporablja se v PCR v realnem času, količinsko določanje ekspresije genov, odkrivanje genetskih polimorfizmov itd.

Povzetek - SYBR Green in Taqman

Taqman in SYBR green sta dve metodi, ki se uporabljata v PCR v realnem času (količinski PCR). Obe metodi omogočata učinkovito količinsko opredelitev izdelka PCR in se zanašata na emisije fluorescencije. Taqman metoda uporablja sonde z dvojno oznako za odkrivanje nakopičene DNK, medtem ko metoda SYBR Green uporablja fluorescentno barvilo. Obe metodi imata tudi v molekularni biologiji različne uporabe.

Referenca:
1. Tajadini, Mohamad Hasan, Mojtaba Panjehpour in Shaghayegh Haghjooy Javanmard. „Primerjava metod SYBR Green in TaqMan v kvantitativni analizi verižne reakcije polimeraze v realnem času štirih podtipov receptorjev adenozina.“ Napredne biomedicinske raziskave. Medknow Publikacije & Media Pvt Ltd, 2014. Splet. 13. marec 2017.
2. "Osnovna načela PCR v realnem času." PCR v realnem času, količinski (qPCR), Primerji in Mastermix: Primerdesign Ltd. N.p., n.d. Splet. 13. marec 2017.
3. "Zelena SYBR in druga PCR barvila v realnem času." Biokomparate. N.p., 05. april 2010. Splet. 14. marec 2017

Vljudnost slik:
1. "PCR z SYBR zeleno" By -Ygonaar 23:09, 7. marec 2006 (UTC) - Graf je ustvaril Ygonaar s Power point, CC BY-SA 3.0, https://commons.wikimedia.org/w/ index.php? curid = 619528
2. "Taqman" Uporabnik: Braindamaged - Lastno delo (Public Domain) prek Commons Wikimedia