Razlika med shRNA in siRNA

shRNA vs siRNA

Med postopkom interference RNA (RNAi) se ekspresija ciljnega gena zruši z visoko specifičnostjo in selektivnostjo. RNAi je naraven proces in vključuje majhne moteče RNA (siRNA) in RNA s kratkimi lasmi (shRNA) ter bi-funkcionalno shRNA. Trenutno se RNAi pogosto uporablja kot orodje za prilagojeno zdravljenje raka. Aplikacije RNAi se v osnovi izvajajo s kemično sintetiziranimi dvojno veriženimi molekulami siRNA in vektorski shRNA. Čeprav imata ti dve molekuli podobne funkcionalne rezultate, se razlikujejo po svoji strukturi; Tako se tudi molekularni mehanizmi delovanja, poti RNA in učinki teh dveh molekul razlikujejo.

shRNA

shRNA je zaporedje majhne molekule RNA, ki omogoča tesen obrat las, ki ga lahko uporabimo za utišanje izražanja ciljnega gena med RNAi. Ekspresijo shRNA dosežemo z vektorjem, ki je lahko virus ali bakterija ali z dostavo plazmidov. Sintetizirajo se v jedru celic in jih prevažajo v citoplazmo za nadaljnje procese. Te molekule imajo podobne poti zorenja miRNA; sinteza miRNA je torej osnova za razumevanje sinteze šRNA. Ali RNA polimeraza II ali III lahko prepisuje shRNA prek promotorjev RNA polimeraze II ali III. Prednost uporabe shRNA je, da imajo razmeroma nizko stopnjo razgradnje in prometa. Pomanjkljivost je, da potrebuje ekspresijski vektor, kar lahko povzroči nekatere varnostne težave.

siRNA

siRNA so dvoverižne molekule RNA, sestavljene v dolžino 20-25 baznih parov. Uporabljajo se za supresijo genov z utišanjem katerega koli gena s komplementarnim nukleotidnim zaporedjem na poti RNAi. Gniloba gena s transfekcijo siRNA je pogosto neuspešna zaradi prehodnega učinka; zlasti pri hitro delljivih celicah in zatiranje ne traja dlje. Da bi odpravili to težavo, siRNA spremenimo z uvedbo kratke strukture las. Ta spremenjena molekula je bila takrat znana kot shRNA. shRNA naj bi Dicer pretvorila v siRNA, da bi nadaljevala normalno delovanje.

Kakšna je razlika med shRNA in siRNA?

• Za razliko od siRNA ima shRNA dodatno lasno strukturo. shRNA je spremenjena različica siRNA.

• shRNA zahteva ekspresijski vektor, medtem ko siRNA ne.

• shRNA se lahko uporablja za dolgoročno knockdown, medtem ko se siRNA lahko uporablja samo za kratkotrajno knockdown genov.

• Za razliko od genske supresije siRNA je supresija shRNA dolgotrajna in če jo vstavimo prek ustreznega virusnega vektorja, lahko povzroči trajne učinke utišanja genov.

• Potrebno je lepše pretvoriti shRNA nazaj v molekulo siRNA, da bi lahko izvajali svoje normalne funkcije.