Razlika med naključnimi primeri in Oligo dT

The ključna razlika med naključnimi začetniki in oligo dT je to naključni temeljni premaz je zmes vseh možnih heksamerskih oligonukleotidnih sekvenc, medtem ko oligo dT temeljni premaz sestoji iz enoverižnega raztezaja 12-18 deoksitimidinov.

Reverzna transkripcija je mehanizem, v katerem lahko cDNA sintetiziramo z uporabo mRNA ali katere koli vrste RNA. Za nastanek cDNA je treba zagotoviti enzim za reverzno transkriptazo in druge potrebne sestavne dele, zlasti šablono in prajmere. Primerji so kratke sekvence DNK, zasnovane posebej za amplifikacijo ciljnih sekvenc. Naključni prajmerji in oligo dT-primeri so dve običajni vrsti primerjev, ki se uporabljajo pri obratni transkripciji. Zato sta naključni primer ali oligo dT primer kratka DNA oligonukleotidna zaporedja, potrebna za povratno transkriptazo za začetek povratne transkripcije. Glede na predlogo RNA lahko iz teh dveh vrst temeljnih premazov izberete primeren temeljni premaz.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj so naključni primeri 
3. Kaj je Oligo dT
4. Podobnosti med naključnimi primeri in Oligo dT
5. Primerjava drug ob drugem - Naključni premazi in Oligo dT v tabeli
6. Povzetek

Kaj so naključni primeri?

Naključni primer je zmes oligonukleotidov, ki predstavljajo vse možne heksamerne sekvence. Zaporedje primerja naključnega osnovnega praška je 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T ali C. Zato lahko naključne prajmere uporabimo za pomnoževanje enoverižne DNK ali RNK z DNK polimerazo ali reverzno transkriptazo, oz. Poleg tega je naključna mešanica prajmera sposobna amplificirati vsa področja RNK, da ustvari cDNA. Tako proizvaja različne dolžine cDNA.

Slika 01: Naključni primeri

Najpomembneje je, da naključna zmes temeljnega premaza ne kaže posebnosti predloge. Ne more razlikovati mRNA in drugih vrst RNA. In se odstrani s katero koli vrsto RNA v vzorcu. Vendar je naključna mešanica prajmerja primerna za obratno transkripcijo RNA brez poli (A) repov, kot so rRNA, tRNA, nekodirajoče RNA, majhne RNA, prokariontska mRNA itd., Degradirana RNA in RNA z znanimi sekundarnimi strukturami.

Kaj je Oligo dT?

Oligo dT temeljni premaz je raztežaj od 12 do 18 deoksitimina (dT). Zaporedje temeljnega premaza je lahko predstavljeno kot 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3. Uporablja se za proizvodnjo cDNA iz mRNA, ki vsebuje poli (A) rep. V bistvu deluje kot temeljni premaz za reakcijo, katalizirano z reverzno transkriptazo. Med obratno transkripcijo se oligo dT temeljni premaz odstrani s poliadeniliranim repom, ki ga najdemo na 3 'koncu večine evkariontskih mRNA in začne postopek.

Slika 02: Obrnjena transkripcija z Oligo dT temeljnim premazom

Za razliko od naključnega temeljnega premaza, oligo dT primer ni primeren za razgrajeno RNA ali RNA, ki nimata poli (A) repov, vključno s prokariotsko RNA in mikroRNA.

Kakšne so podobnosti med naključnimi primeri in Oligo dT?

• Naključni primer in oligo dT temeljni premaz sta dve vrsti temeljnih premazov, ki se uporabljata pri obratni transkripciji in izdelavi cDNA.
• Uporaba naključnega primerja in oligo dT primerja skupaj poveča občutljivost sinteze cDNA.
• So enoverižna kratka nukleotidna zaporedja.

Kakšna je razlika med naključnimi primeri in Oligo dT?

Naključni primer je kratko oligonukleotidno zaporedje, sestavljeno iz naključnega zaporedja. Medtem je oligo dT temeljni pramen kratek pramen, sestavljen iz 12 do 18 deoksitimidinov. Torej, to je ključna razlika med naključnimi začetniki in oligo dT. Zaporedje naključnega temeljnega premaza je 5 '- d (NNNNNN) -3' N = G, A, T ali C. ker je zaporedje oligo dT primerja 5'-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3 ' . Zato lahko to smatramo kot še eno razliko med naključnimi začetniki in oligo dT.

Poleg tega naključni premazi ne kažejo predloge specifičnosti šablone in sežejo s katero koli vrsto RNA, medtem ko oligo dT prajmerji kažejo specifičnost za poli (A) reke evkariontske mRNA.

Spodnja infografija povzema razliko med naključnimi začetniki in oligo dT.

Povzetek - Naključni primerji vs Oligo dT

Naključni temeljni premaz in oligo dT temeljni premaz sta dve vrsti temeljnih premazov, ki se uporabljata pri sintezi cDNA. Naključni temeljni premaz je sestavljen iz mešanice oligonukleotidov, ki predstavljajo vse možne heksamerne sekvence, medtem ko je oligo dT temeljni premaz enodstoten z 12 do 18 deoksitimidinov. Torej, to je ključna razlika med naključnimi začetniki in oligo dT. Poleg tega so oligo dT primerji uporabni za povratno transkripcijo celotne RNK s poli (A) repom, medtem ko so naključni primeri uporabni za obratno transkripcijo večine vrst RNA, vključno z degradirano RNA, RNA, ki nimajo repov (A) in vsebujejo RNA sekundarne strukture. Zato naključni osnovni premaz ne kaže specifičnosti predloge, medtem ko oligo dT temeljni premaz kaže specifičnost do evkariontske mRNA, ki vsebuje poli (A) rep.

Referenca:

1. "Nastavitev povratne transkripcije: Thermo Fisher Scientific - ZDA." Nastavitev povratne transkripcije | Thermo Fisher Scientific - ZDA, na voljo tukaj.

Vljudnost slik:

1. “Primers RevComp” avtorja Zephyris - Lastno delo (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia
2. "RT PCR model" Lokeshthimmana - Lastno delo (CC BY-SA 4.0) prek Commons Wikimedia