Razlika med sondo in primerom

Ključna razlika - sonda proti primeru
 

Molekularna sonda je majhen fragment DNA ali RNA, ki prepozna komplementarne sekvence v DNK ali RNK in omogoča identifikacijo ciljnega zaporedja. Primer je majhen del DNK ali RNK, ki služi kot izhodišče za sintezo DNK. Primeri in sonde hibridizirajo s komplementarnimi nukleotidi šablonske DNK ali ciljne DNK. Ključna razlika med sondo in temeljnim premazom pa je v tem prajmerji so potrebni za podvajanje DNK, medtem ko so sonde potrebne za odkrivanje specifičnih sekvenc v vzorčni DNK.

VSEBINA
1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je sonda
3. Kaj je Primer
4. Primerjava ob strani - sonda proti temeljnemu premazu
5. Povzetek

Kaj je sonda?

Sonda je majhen fragment DNK ali RNK, ki se uporablja za zaznavanje ciljne DNK ali RNK v vzorcu z molekularno hibridizacijo. Znani so tudi kot molekularni markerji. Dolžina sonde je lahko različna (od 100 do 1000 baz), nukleotidi sonde pa so komplementarni delu ciljne sekvence. Zaradi lažjega zaznavanja so sonde označene z radioaktivnimi izotopi ali s fluorescentnimi barvili ali protitelesi. Sonde se vežejo s komplementarnimi osnovami ciljnega zaporedja in razkrijejo prisotnost ciljne DNA ali RNA v vzorcu. Obstajata dva glavna načina označevanja sond: konec označevanja in prevajanja vzdevkov. Sonde so razvrščene v različne vrste, vključno z DNK sondami, RNA sondami, cDNa sondami in sintetičnimi oligonukleotidnimi sondami, pripravljene pa so z uporabo različnih tehnik.

Sonde so pomembna orodja na mnogih mikrobnih in molekularnih področjih, kot so virologija, forenzična patologija, testiranje očetovstva, odvzem prstnih odtisov DNK, odkrivanje genetskih bolezni, RFLP, molekularna citogenetika, in situ hibridizacija itd.

Slika 01: Fluorescentno označena sonda, ki se uporablja v FISH za odkrivanje patogenov

Kaj je Primer?

Primer je kratek fragment DNA ali RNA, ki služi kot pobudnik za sintezo DNK. Encim DNK polimeraza dodaja nukleotide v 3 'OH skupino primarnega zaporedja in sintetizira novo verigo, ki dopolnjuje predlogo DNA. Primeri so zelo kratki drobci z dolžino 18 do 20 nukleotidov. Kemično se sintetizirajo v laboratoriju za in vitro Amplifikacija DNA (PCR). Primerji imajo lahko poljubno zaporedje nukleotidov, saj jih je oblikoval uporabnik. So sintetizirani tako, da se ujemajo z komplementarnimi osnovami DNK predloge. Zato ima lahko poljubno zaporedje nukleotidov. Primeri so izrednega pomena za razmnoževanje DNK, saj DNK polimeraza ne more sintetizirati nove DNK brez že obstoječega dela DNK. Pri načrtovanju temeljnih premazov za PCR je treba upoštevati naslednje:

• Primeri morajo vsebovati komplementarne nukleotide do bočnega konca DNK, ki se želi razširiti.
• Temeljni premazi morajo imeti temperaturo tališča med 55 - 65 ⁰C
• Vsebnost G in C naj bo med 50 in 60%.

V PCR se uporabljata dva primera kot naprej in nazaj, da se replicirajo oba sklopa DNK vzorca. Primerji se običajno uporabljajo za izvajanje zaporedja PCR in DNA.

Slika 02: Primer kaljenja v PCR

Kakšna je razlika med sondo in primerom?

Sonda proti Primeru
Sonda je majhen fragment DNA / RNA, ki se uporablja za zaznavanje prisotnosti ciljnega zaporedja v vzorcu z molekularno hibridizacijo.	Primer je majhen del DNK ali RNK, ki služi kot izhodišče za razmnoževanje DNK.
Funkcija
To zazna prisotnost določenega zaporedja v vzorcu DNK ali RNK.	To deluje kot izhodišče za sintezo DNK.
Dolžina
Dolžina je lahko v razponu od 100 do 1000 podstavkov	Dolžina je na splošno približno 18 - 20 podstavkov
Vezava s komplementarnim zaporedjem
Sonda se hibridizira z komplementarnimi osnovami ciljnega zaporedja	Primeri sežejo s komplementarnimi osnovami verig DNA.
Označevanje
Sonde so označene za lažje zaznavanje	Primerki običajno niso označeni
Uporaba v PCR
Sonde se ne uporabljajo v PCR	Primeri se uporabljajo pri PCR

Povzetek - Sonda vs Primer

Sonda je majhen fragment zaporedja DNA ali RNA, ki ga lahko hibridiziramo s komplementarnimi nukleotidi, da zaznamo ciljno zaporedje v vzorcu. Sonde so označene radioaktivno, imunološko ali fluorescentno, da vidimo prisotnost ciljnega zaporedja. Primer je zelo majhen fragment DNK ali RNK, ki deluje kot izhodišče in vitro Amplifikacija DNA. DNK polimeraza identificira 3 'OH-skupino skupine in začne graditi nov sklop, komplementaren predlogi. Sonde in temeljni premazi delujejo podobno s hibridizacijo s komplementarnimi nukleotidi. Ključna razlika med sondo in temeljnim premazom je njihova glavna funkcija.

Referenca:
1. "Primer (molekularna biologija)." Wikipedija. Wikimedia Foundation, 02. februarja 2017. Splet. 01. mar 2017.
2. "Hibridizacijska sonda." Wikipedija. Wikimedia Foundation, 30. december 2016. Splet. 01. mar 2017
3. "Primer (molekularna biologija)." Primer (molekularna biologija) - ScienceDirect Topics. N.p., n.d. Splet. 01. mar 2017

Vljudnost slik:
1. "RIBE za identifikacijo bakterijskih patogenov" Pepetps Togopic Ivan Akira Magnus ManskeTimothy W. Ford - (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia
2. "Primers RevComp Melted2" avtorja Richard Wheeler (Zephyris) - Lastno delo (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia