Razlika med PCR temeljnimi prameni in zaporednimi prajmi
Share
Ključna razlika - PCR Primerji vs Zaporedje Primeri
Z nedavnim razvojem na področju molekularne biologije so bile razvite različne genetske tehnike, ki so omogočale enostavne in natančne preiskovalne procese različnih vidikov. PCR in drugi postopki zaporedja sta dve pomembni takšni tehniki. Uporabljajo različne podkomponente. Primeri se štejejo za glavno podkomponento, ki je skupna tako PCR kot tehnikam ločevanja. PCR primerji se uporabljajo za amplifikacijo določene sekvence DNK, medtem ko senačitveni primerji se uporabljajo v okviru sekvenciranja fragmenta DNA z namenom razkriti njegov specifični vrstni red nukleotidnega zaporedja. To je ključna razlika med PCR primerji in sekvenčnimi prameni.
VSEBINA
1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj so PCR temeljni premazi
3. Kaj so sekvenčni temeljni premazi
4. Podobnosti med PCR temeljnimi prameni in sekvenciranjem prajmov
5. Primerjava drug ob drugem - PCR temeljni premazi in zaporedni premazi v tabeli
6. Povzetek
Kaj so PCR temeljni premazi?
Verižna reakcija polimeraze (PCR) je genetska tehnika, ki se uporablja na področju molekularne biologije, da bi posnemali eno ali nekaj kopij določenega segmenta DNK in pridobili več milijonov enakih kopij. V reakciji s PCR se uporabljajo različne komponente, vključno s prajmerji. Primeri so kratki prameni DNK z dolžino nukleotidov 18-25, zaradi česar so združljivi z začetnim in končnim delom fragmentov DNK, ki jih je treba okrepiti. Temeljni premazi so lahko prednji in povratni premazi. Ti primeri se vežejo na fragment DNK na točno določenih mestih, kjer se DNK polimeraza veže na specifičen primer na mestu in začne sintezo novega verige DNA.
Izbor prajmov je pomemben vidik procesa PCR. Pomembna je izbira dolžine temeljnega premaza. Idealna dolžina bi bila 18-25 nukleotidov. Če je dolžina prekratka ali predolga, se prajmerji ne bodo natančno vezali na zaporedje DNK. Prekrajša osnovna premaz vodi do nespecifičnega žarjenja prajmerov na različnih mestih zaporedja DNK.
Slika 01: Primeri PCR
Vsebnost gvanina in citozina (GC) v dobrem osnovnem premazu mora biti v območju od 40 do 60. Temperatura žarjenja temeljnega premaza in temperatura taljenja sta vitalna dejavnika med PCR. Temperaturo tališča je treba izračunati natančno, temperaturo žarjenja temeljnega premaza pa 5 0C nižja od temperature taljenja. Temperatura taljenja mora biti 60 ° C in 75 ° C. Previsoke ali prenizke temperature bodo povzročile manj aktivno delovanje DNK polimeraze.
Kaj so sekvenčni temeljni premazi?
Sekvenčni primerji se uporabljajo v okviru zaporedja fragmenta DNK z namenom razkriti njegovo specifično identiteto. Za doseganje dobrih rezultatov zaporedja so pomembni kakovostni temeljni premazi in predloge. Ko izberemo prajmerje, bi morale biti edinstvene za določeno regijo, kjer želimo zaporedje. Prav tako mora biti s pravilno usmeritvijo, kjer sekvence običajno nastajajo od 3 'do 5' koncev prajmov. V zaporedju ne sme biti nezaželene samo-hibridizacije, kot je oblikovanje zank za las. Ne bi smel vsebovati zaporednega oblikovanja gvanskih baz.
Temperatura taljenja temeljnega premaza mora biti primerna pogojem sekvenciranja. Zato mora ležati med 52oC in 74oC. Pripravo oligonukleotidov, ki se uporabljajo kot temeljni premaz, je treba očistiti, da dobimo želeno celotno dolžino zaporedja. Če oligonukleotidi vsebujejo nečistoče, se signalizacija zaporedja prajmov naloži na različna mesta za pranje, zmanjša pa se tudi število baznih celic.
Slika 02: Zaporedni premazi
Temperatura taljenja temeljnega premaza (Tm) oligonukleotida določa, kako močni so komplementarni prameni DNA med seboj hibridizirani. Tm lahko razumemo kot termodinamični izračun, kadar je odvisen od zaporedja DNK in več pogojev, kot je koncentracija soli. Tm je pomemben med PCR, kjer se za izdelavo skupine fragmentov, ki se končajo z dideoksinukleotidom, uporablja varianta, imenovana zaporedje ciklov. Tukaj se sprva sekvenčen temeljni premaz alternativno sene, nato se razširi in nazadnje denaturira za ojačitev. Zato mora biti vrednost Tm med 52oC in 74o C. Sintetizirani oligonukleotidi lahko po lastni izbiri dobimo v laboratorijih za sintezo DNA / RNA. Majhni obseg sinteze, ki se uporablja za sekvenciranje DNK, je običajno 50 nmol. Najpomembneje je, da se temeljni premazi, ki se uporabljajo za sekvenciranje, očistijo, da ne vsebujejo nečistoč, kar bo preprečilo zmanjšanje kakovosti.
Kakšne so podobnosti med PCR temeljnimi prameni in sekvenčnimi prajmi?
- Tako PCR Primer kot Sekvencijski prajmerji so prajmeri, ki se uporabljajo v procesu amplifikacije ciljanega zaporedja DNA.
- Tako PCR primerji kot sekvenčni primerji so sestavljeni iz nukleotidov.
- Tako PCR temeljni premazi kot sekvenčni primerji so kratki oligomeri.
Kakšna je razlika med PCR temeljnimi prameni in sekvenčnimi prajmi?
PCR Primerji proti sekvenciranju primerov | |
| Primeri PCR so kratki prameni DNK z dolžino nukleotidne sekvence 18-25, zaradi česar so združljivi z začetnim in končnim delom fragmentov DNA, ki jih je treba amplificirati. | Sekvenčni primerji so kratki oligomeri, ki se uporabljajo v okviru zaporedja fragmenta DNK z namenom razkriti njegovo specifično identiteto. |
| Funkcija | |
| PCR primerji se uporabljajo za amplifikacijo določenega zaporedja DNK. | Sekvenčni primerji se uporabljajo v okviru zaporedja fragmenta DNK z namenom razkriti njegovo specifično identiteto. |
| Število potrebnih temeljnih premazov | |
| Dva primera; en prednji temeljni premaz in en povratni temeljni premaz se uporabljata kot PCR temeljni premazi. | Kot osnovni premaz potrebujete samo en temeljni premaz. |
Povzetek - PCR Primers vs Zaporedje Primeri
Sekvenčni primerji se uporabljajo v okviru zaporedja fragmenta DNK z namenom razkriti njegovo specifično identiteto. Za nadaljevanje postopka bo dovolj en zaporedni premaz. Za doseganje dobrih rezultatov zaporedja so pomembni kakovostni osnovni premazi in predloge. Ko izberemo prajmerje, bi morale biti edinstvene za določeno regijo, kjer želimo zaporedje. Primeri PCR so kratki prameni DNK z dolžino nukleotidov 18-25, ki so združljivi z začetnim in končnim delom fragmentov DNK, ki jih je treba amplificirati. PCR temeljni premazi so lahko prednji in povratni temeljni premazi. Vsebnost gvanina in citozina (GC) v dobrem osnovnem premazu mora biti v območju od 40 do 60. Temperatura žarjenja temeljnega premaza in temperatura taljenja sta življenjska pomembna pri PCR. To je razlika med prajmerov PCR in začetnih sekvenc.
Referenca:
1. "Verižna reakcija polimeraze (PCR)." Akademija Khan. Na voljo tukaj
2. "Zaporedni premazi in zasnova temeljnega premaza." Zaporedni premazi in zasnova temeljnih premazov | Univerzitetne temeljne storitve DNK | University of Calgary Na voljo tukaj
Vljudnost slik:
1.'Primers RevComp'By Zephyris - Lastno delo, (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia
2.'DNA metode označevanja Sekvencin 3'By Abizar (izvirnik naložil) na angleški Wikipediji - prenesel Gustavocarra., (Public Domain) prek Commons Wikimedia
