Razlika med hierarhičnim in celovitim sekvenciranjem puške

The ključna razlika med hierarhičnim in celovitim sekvenciranjem strelnih pušk je to pri hierarhičnem sekvenciranju puške je genom razvrščen na večje fragmente pred sekvenciranjem, medtem ko je pri sekvenciranju strelnih pušk celoten genom razbit na majhne fragmente za sekvenciranje.

Sekvenciranje je pomembna tehnika v molekularnih procesih, zlasti pri natančni identifikaciji vrst. Pravzaprav gre za tehniko določanja natančnega vrstnega reda nukleotidov v genu ali genomu. Obstaja veliko tehnik za zaporedje. Nekatere od njih vključujejo metodo Maxam Gilbert, metodo Sanger in avtomatizirano metodo Sanger.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je hierarhično zaporedje puške
3. Kaj je sekvenca puške v celotnem genomu
4. Podobnosti med hierarhičnim in celovitim sekvenciranjem puške
5. Primerjava ob strani - Hierarhično zaporedje puščic puščic v celotnem genomu v tabeli
6. Povzetek

Kaj je hierarhično zaporedje puške?

Hierarhično sekvenciranje strelnih pušk je eden od načinov zaporedja. Imenujejo ga tudi „zaporedje od zgoraj navzdol“. Nadalje je ta metoda sestavljena iz dveh korakov: prvi korak je amplifikacija genoma, drugi korak pa fragmentacija genoma. Pri tej metodi genom najprej strižemo v velike fragmente. Sledi kloniranje teh velikih fragmentov v različne gostitelje z uporabo vektorjev ali umetnih kromosomov. Nato se ti rekombinantni vektorji razporedijo v knjižnico. Med sekvenciranjem puško se rekombinantni vektorski kloni podvržejo sekvenciranju posamično. Fragmenti v klonih podvržejo restriktivno prebavo, da se dodatno zmanjša velikost genoma, s čimer se izvede zaporedje.

Slika 01: Hierarhično zaporedje puške

Med hierarhičnim sekvenciranjem puške je treba velike kose delcev razporediti po vrstnem redu pred zaporedjem puške. Poteka s pomočjo molekularnih markerjev, ki so vgrajeni med postopkom kloniranja.

Hierarhično zaporedje pušk ustvari zemljevid genov z nizko ločljivostjo. Ustvari pa urejen zemljevid zaporedja. Tako traja daljše trajanje kot neposredno zaporedje. Celoten proces zamuja zaradi ustvarjanja rekombinantne vektorske knjižnice. Ali je to tudi delovno intenzivna tehnika. Vendar je trenutno tehnika avtomatizirana za lažje delo.

Kaj je sekvenca puške v celotnem genomu?

Sekvenciranje puške v celotnem genomu je postopek enostopenjskega zaporedja. Pri tem postopku najprej poteka celotno striženje genoma. Po tem se vsak od teh majhnih fragmentov naključno sekvencira. Po končanem sekvenciranju se izvede analiza zaporedij. Med analizo zaporedja se zaporedja, ki se prekrivajo, odstranijo, analiza pa ni urejen postopek. Zato je sestavljanje sekvenc manj učinkovit postopek v primerjavi s hierarhičnim zaporedjem pušk. Vendar pa je postopek sekvenciranja celih genom hitrejši, analiza celotnega genoma pa lahko poteka na enem primeru.

Kakšne so podobnosti med zaporedjem hierarhičnega in celovitega genoma?

• Hierarhično in celovito zaporedje strelnih pušk sta dva gena.
• Oba se lotijo ​​Sangerjevega sekvenciranja ali avtomatiziranega načina Sangerjevega zaporedja.
• Sodelujejo v sekvenciranju fragmentov DNK in RNK.
• Poleg tega sta obe metodi pomembni pri molekularni diagnostiki in raziskavah.
• Trenutno sta obe tehniki avtomatizirani ali računalniško zasnovani.
• Obe tehniki se opirata na razdrobljenost genoma.

Kakšna je razlika med zaporedjem hierarhičnega in celovitega genoma?

Hierarhično sekvenciranje pušk ustvari fragmente večje velikosti v primerjavi s sekvenciranjem celih genomov, ki deluje z majhnimi drobci sekvenc. Torej, to je ključna razlika med hierarhičnim in celovitim sekvenciranjem puške. Poleg tega hierarhično zaporedje pušk sestavljata dva glavna koraka, medtem ko se celoten genom sekvenciranje puško opira na en velik korak.

Poleg tega je še ena razlika med hierarhičnim sekvenciranjem puške v celotnem genomu v tem, da je ločljivost puščic v celotnem genomu višja v primerjavi s hierarhičnim sekvenciranjem puške..

Spodnja infografska slika povzema razliko med hierarhičnim zaporedjem puščic in celotnim genomom.

Povzetek - Hierarhično zaporedje v primerjavi s celotnim genomom

Hierarhično sekvenciranje in celovito genom sekvenciranje pušk sta dve tehniki zaporedja velikih genomov. Hierarhično zaporedje puške je dvostopenjski postopek sekvenciranja, kjer je genom razbit na večje fragmente. V nasprotju s tem pa je sekvenca pušk v celotnem genomu enostopenjsko zaporedje, kjer je genom razbit na majhne fragmente in neposredno sekvenciran. Tako je to ključna razlika med hierarhičnim in celovitim sekvenciranjem puške. Poleg tega se lahko tehnični vidiki med tehnikami razlikujejo.

Referenca:

1. Waterston, Robert H in sod. "O sekvenciranju človeškega genoma." Zborniki Nacionalne akademije znanosti Združenih držav Amerike, Nacionalna akademija znanosti, 19. marca 2002, dostopno tukaj.
2. Pal, Shital. "Sekvenciranje genoma." LinkedIn SlideShare, 4. novembra 2014, na voljo tukaj.

Vljudnost slik:

1. "Sekvenciranje celih genomskih pušk v primerjavi s hierarhičnim sekvenciranjem pušk" By Commins, J., Toft, C., Fares, M. A. - "Računalniške biološke metode in njihova uporaba v primerjalni genomiki endocelularnih simbiotskih bakterij žuželk." Biol. Postopki na spletu (2009). Dostop prek SpringerImages (CC BY-SA 2.5) prek Wikimedije Commons