Razlika med Exome in Transcriptome

Ključna razlika - Exome vs Transcriptome
 

Gen vsebuje kodirna in nekodirajoča področja znotraj njega. Kodirajoče sekvence so znane kot eksoni, nekodirajoče sekvence pa so znane kot introni. Nukleotidno zaporedje eksonov gena predstavlja gensko kodo gena za sintezo specifičnega proteina. Zato ostajajo eksoni v molekuli mRNA. Skupno območje eksona genoma je znano kot eksemom in je pomemben del genoma. Genska koda genov se pretvori v genetski kod molekule mRNA, ki je potreben za proizvodnjo beljakovin. Celotne molekule mRNA, prepisane v celici ali v celični populaciji naenkrat, so znane kot transkript. Ključna razlika med exome in transcriptome je v tem exome predstavlja zaporedja eksonskih regij genoma medtem transkript predstavlja skupno mRNA celice ali tkiva v določenem času.

VSEBINA
1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je Exome
3. Kaj je transkript
4. Primerjava ob strani - Exome vs Transcriptome
5. Povzetek

Kaj je Exome?

Geni so sestavljeni iz eksonov, intronov in regulacijskih sekvenc. Eksoni so genske regije, ki se med prepisovanjem prepisujejo v mRNA zaporedje. Introni in druge nekodirane regije se med prepisovanjem odstranijo. Nukleotidno zaporedje eksonov določa genetsko kodo gena, ki sintetizira specifični protein, ki ga kodira. Samo eksoni ostanejo znotraj mRNA proteina. Zbirka eksonov v genomu je znana kot eksem organizma. Predstavlja del genoma, ki se izraža v genih. Pri ljudeh exome predstavlja 1% od genoma. To je protein, ki kodira človeški genom.

Slika 01: Exome

Kaj je transkript?

Transkript je zbirka vseh transkriptov, ki kodirajo beljakovine in nekodirajoče snovi (RNA) v danem tkivu. Transkript predstavlja zbirko celotnih molekul mRNA, izražene z geni v celici ali tkivu. Transkript celice se lahko spreminja s transkriptom druge vrste celic. Transkript je tudi dinamičen - s časom se spreminja kot odziv na notranje in zunanje dražljaje. Tudi znotraj istega tkiva ali znotraj iste vrste celic se lahko transkript spremeni po nekaj minutah.

Transkript se razlikuje od eksome v organizmu. Transkript vključuje samo izražena sekvenca exome. Čeprav ostaja celica celice enaka, se transkript med celicami razlikuje, saj ekspresija genov ni enaka za vse celice ali tkiva. V različnih celicah in tkivih se izražajo samo bistveni geni. Ekspresija genov je specifičen postopek za tkiva ali celice. Uravnavajo ga različni dejavniki, vključno z dejavniki okolja. Zato se lahko transkript razlikuje od zunanjih okoljskih pogojev.

Transkript se uporablja kot predhodnik za študije proteomike. Vsi proteini so pridobljeni iz sekvenc mRNA. Translacijske spremembe lahko povzročijo spremembe beljakovin. Vendar transkript vsebuje pomembne osnovne podatke za proteomske študije.

Slika 02: Transkript embrionalnih matičnih celic

Kakšna je razlika med Exome in Transcriptome?

Exome vs Transcriptome
Exome je zbiranje proteinsko kodirajočega področja genov.	Transcriptome je zbirka vseh prepisanih RNA, vključno z mRNA.
Vzorec
Exome preučujemo z uporabo vzorca DNK.	Transkript preučujemo z vzorcem RNA.
Metoda študija
Zaporedje celih exomeov je metoda preučevanja exome.	Sekvenca RNA je metoda preučevanja transkriptov.

Povzetek - Exome vs Transcriptome

Eksoni so kodirna zaporedja genov in določajo mRNA zaporedja proteinov. Zbirka teh kodirnih sekvenc (eksonov) je znana kot eksem organizma. Geni se pred izdelavo proteinov prepisujejo v molekule mRNA. Skupne molekule mRNA celice ali tkiva v določenem času so znane kot transkript. Transkript predstavlja gene, ki se v določenem času aktivno eksprimirajo v mRNA. Transkript je specifičen za celice in tkiva in vpliva na okoljske razmere. To je razlika med exome in transcriptome.

Reference:
1.Sarah et al, „Ciljano zajemanje in množično vzporedno ločevanje dvanajstih človeških dohodkov.“ Narava. Ameriška nacionalna medicinska knjižnica, 10. septembra 2009. Splet. 01. april 2017
2.Mutz et al. "Transkriptna analiza z uporabo zaporedja naslednje generacije." Elsevier: Iskalec člankov. N.p., september 2012. Splet. 01. april 2017

Vljudnost slik:
1. "Transkript pluripotentnih celic" Grskovic, M. in Ramalho-Santos, M., Mnogopoten transkript (10. oktober 2008), StemBook, ed. Skupnost za raziskave matičnih celic, StemBook, doi / 10.3824 / matična knjiga.1.24.1, http://www.stembook.org. - [1] DirectStemBook Slika 2 Transkript pluripotentnih celic. Grškovič, M. in Ramalho-Santos, M., Mnogopoten transkript (10. oktober 2008), StemBook, ed. Skupnost za raziskave matičnih celic, StemBook, doi / 10.3824 / matična knjiga.1.24.1, (CC BY 3.0) prek Commons Wikimedia