Razlika med sekvenco Exome in RNA

Ključna razlika - sekvenca Exome vs RNA
 

Sekvenciranje nukleinske kisline je tehnika, ki določa vrstni red nukleotidov v določenem fragmentu DNK ali RNK organizma. Sekvenciranje je pomembno pri določanju DNK in RNA sestave celice in razlikovanju nekaterih genov, ki kodirajo funkcionalne beljakovine; Tako lahko sekvenciranje uporabimo za razumevanje mutacij teh genov in genske ekspresije. Sangerjeva metoda ločevanja ali naprednejša metoda zaporedja naslednje generacije so metode zaporedja, ki se pogosto uporabljajo. Exome sekvenciranje je sekvenciranje celotnega niza eksonov ali kodirajočih se regij DNA, prisotnih v organizmu, medtem ko je sekvenca RNA postopek sekvenciranja ribonukleinskih kislin (RNA). To je ključna razlika med sekvenco exome in RNA.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je Exome sekvenca
3. Kaj je sekvenca RNA
4. Podobnosti med sekvenco Exome in RNA
5. Primerjava drug ob drugem - Sekvenca Exome vs RNA v tabeli
6. Povzetek

Kaj je Exome sekvenca?

Exome je podskupina genoma, ki je sestavljena iz kodirajočih genov določenega organizma. Geni za kodiranje so poimenovani kot eksoni in se prepisujejo v mRNA in nato prevedejo v zaporedje aminokislin. Med post-transkripcijskimi spremembami mehanizem spajanja RNA v evkariotih odstrani introne (nekodirajoča področja), eksoni pa ostanejo. Obstajata dve glavni tehniki, v katerih se izvaja exome sekvenciranje: rešitev, ki temelji na matriki.

V sekvenci eksoma na osnovi raztopine se vzorci DNK razdrobijo bodisi z restrikcijskimi encimi bodisi z mehansko metodo in denaturirajo s toploto. V tej tehniki se biotinilirane oligonukleotidne sonde (vabe) uporabljajo za selektivno hibridizacijo s ciljnimi območji v genomu. Za stopnjo vezave se uporabljajo magnetne streptavidinske kroglice. Vezavi sledi korak pranja, pri katerem se nevezane in neciljne sekvence izperejo. Povezane tarče se nato amplificirajo z uporabo verižne reakcije polimeraze (PCR) in nato sekvencirajo z uporabo Sangerjevega zaporedja ali tehnike naslednje generacije.

Slika 01: Nekaj ​​zaporednih sekvenc

Metoda, ki temelji na matriki, je podobna metodi, ki temelji na raztopini, le da se fragmenti DNK zajamejo v mikro zaporedje, nato pa sledijo koraki vezave in pranja, preden se sekvencirajo.

Exome zaporedje se uporablja v mnogih aplikacijah, kot so genetska diagnoza bolezni, v genskem zdravljenju, pri prepoznavanju novih genetskih markerjev, v kmetijstvu za prepoznavanje različnih koristnih agronomskih lastnosti in v postopkih vzreje rastlin.

Kaj je sekvenca RNA?

Zaporedje RNA temelji na transkriptu, ki je celoten prepis celice. Ključni cilji zaporedja RNA so katalogiziranje vseh vrst transkripta, vključno z mRNA, nekodirajočo RNA in majhno RNA, za določitev transkripcijske strukture genov in količinsko opredelitev ravni ekspresije vsakega prepisa med razvojem. Med sekvenciranjem RNK so bile za sekvenciranje sprva uporabljene hibridizacijske tehnologije (ki so bile komplementarne DNK, ki izhajajo iz zrelih zaporedij mRNA). Trenutno se za sekvenciranje RNA uporablja natančnejša in naprednejša tehnika skozi vnos.

Slika 02: Zaporedja RNA

V sekvenci RNA se vzorec RNA, ki je lahko celotna RNA ali frakcionirana RNA, pretvori v njeno komplementarno DNA (cDNA) z uporabo obratne transkripcije in pripravi se knjižnica cDNA. Vsak fragment cDNA je pritrjen na adapterje na obeh straneh (parno končno zaporedje) ali na eni strani (enojno zaporedno zaporedje). Te označene sekvence so sekvencirane z uporabo Sangerjevega zaporedja ali naslednje generacije, kot so zaporedji exome.

Kakšne so podobnosti med sekvenco Exome in RNA?

• Za sekvenco Exome ali RNA lahko uporabimo kratke izbrane fragmente ali celoten sklop DNK / RNK.
• V knjižnicah so ohranjeni zaporedni fragmenti.
• Uporablja se lahko nevarnejše sekvenciranje ali zaporedje naslednje generacije.
• Obe sta metodi zaporedja in vitro.
• Zaporedne fragmente lahko določimo s fluorescentnimi oznakami.

Kakšna je razlika med sekvenco Exome in RNA?

Exome vs RNA zaporedje
Exome sekvenciranje je zaporedje celotnega niza eksonov ali kodirajočih se regij DNA, ki so prisotni v organizmu.	Sekvenciranje RNA se nanaša na postopek sekvenciranja ribonukleinskih kislin (RNA); prepis.
Začetek vzorca
Genomska DNK je začetni vzorec sekvence eksoma.	RNA je začetni vzorec sekvence RNA.
Sestava
Ta vsebuje samo področja kodiranja celotne DNK, znane kot Exons	Ta vsebuje RNA-mRNA / transkript.
Zaporedje
Obstajata dve glavni metodi sekomecije exome; tehnologije, ki temeljijo na rešitvah in nizu.	Sekvenciranje RNK poteka s pripravo knjižnice cDNA z ekstrahiranjem celotne RNA ali fragmentirane RNA.

Povzetek - Vrstni red med Exome in RNA

Exome je celoten sklop kodirnih regij organizma in tehnike, ki so vključene v določanje natančnega nukleotidnega vrstnega reda Exome, so znane kot eksemomsko sekvenciranje. Sekvenca RNA je tehnika, ki se uporablja za določanje nukleotidnega reda RNA v organizmu. To je razlika med sekvenco exome in RNA.

Prenos PDF različice Exome vs RNA sekvence

Lahko prenesete PDF različico tega članka in jo uporabljate za namene brez povezave, kot je navedeno v navodilu. Prosimo, naložite PDF različico tukaj Razlika med sekvenco Exome in RNA

Reference:

1.Wang, Zhong in sod. "RNA-Seq: revolucionarno orodje za transkriptomijo." Narava pregledov. Genetics, ameriška nacionalna medicinska knjižnica, januar 2009, dostopno tukaj. Dostopno 3. septembra 2017.
2.Warr, Amanda in sod. "Redno zaporedje: trenutna in prihodnja perspektiva." G3: Geni | Genomi | Genetika, Genetska družba Amerike, avgust 2015, na voljo tukaj. Dostopno 3. septembra 2017.

Vljudnost slik:

1. "Exome Sequiting Workflow 1a": Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2.5) prek Commons Wikimedia
2. "Journal.pcbi.1004393.g002" avtor SarahKusala - Lastno delo (CC BY 3.0) prek Commons Wikimedia