Razlika med klonom po sekvenciranju klonov in sekvenciranju puške

The ključna razlika med kloniranjem s kloniranim zaporedjem in sekvenciranjem strelnih pušk leži v njihovi metodi ravnanja. Metoda kloniranja s kloniranjem vključuje kartiranje kromosomov in kloniranje pred sekvenciranjem, medtem ko klon s sekvenciranjem puške izpušča tako preslikavo kromosomov kot korake kloniranja med sekvenciranjem..

Klon s sekvenciranjem klonov in klon s sekvenciranjem puško sta dve metodi sodobnega sekvenciranja genomov. Klon s sekvenciranjem klonov je bolj zanesljiv način sekvenciranja. Vendar je metoda kloniranja s sekvenciranjem pušk hitrejša in cenejša. Članek se osredotoča na tanko razliko med klonom s sekvenciranjem klonov in sekvenco puško.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je klon z sekvenciranjem klonov 
3. Kaj je klon z ločevanjem puške
4. Podobnosti klona s sekvenciranjem klonov in sekvenciranjem puške
5. Primerjava drug ob drugem - Kloniranje s klonskim sekvenciranjem in sekvenco puško v tabeli
6. Povzetek

Kaj je klon s kloniranjem?

Kloniranje s kloniranim zaporedjem je metoda sekvenciranja genomov. Zahteva preslikavo vsakega kromosoma pred cepitvijo DNK. Po preslikavi je treba DNK razgraditi na delce dolžine 150 kilobaz. Ti fragmenti so nato pripravljeni za zaporedje. Naslednji korak je vstavljanje fragmentov DNK v bakterijske umetne kromosome (BAC) in nato v bakterijske celice. Ker so fragmenti zdaj znotraj bakterijskih celic, se vsakič, ko se bakterije razdelijo, tudi vstavljeni fragmenti DNK razdelijo in ustvarijo številne enake kopije. Nato se posamezni DNK bakterijskega klona razdrobi na 500 baznih parov dolgih fragmentov. So manjši in prekrivajoči se drobci. Nato zaporedje poteka z vstavitvijo teh fragmentov v vektor z znanim zaporedjem DNK. Začenši od znanega zaporedja vektorja se nadaljevanje nadaljuje do neznanega zaporedja.

Po končanem sekvenciranju je treba določiti področja zaporedij, ki se prekrivajo. Nato se združijo fragmenti, da se tvorijo večji fragmenti, ki so bili prvotno predstavljeni v BAC-jih. Nato sestavljanje večjih fragmentov v kromosom izvede v skladu z zemljevidom genoma.

Slika 01: Klon s sekvenciranjem klonov

Pomembna prednost klona z sekvenciranjem klonov je, da vnaprej pripravljena karta genoma pomaga zanesljivo sestavljanje večjih fragmentov. Toda pomanjkljivost te metode sekvenciranja je v tem, da je za izdelavo zemljevidov genomov in izdelavo klonov zamudno. Vendar je bila ta metoda najprimernejša med projektom človeškega genoma..

Kaj je klon z zaporednimi streli?

Klon s sekvenciranjem strelnih pušk je metoda sekvenciranja, ki naključno razbije sekvence DNK na številne majhne fragmente in zaporedje ponovno sestavi z opazovanjem prekrivajočih se regij. Večji genomi sesalcev je težko klonirati zaporedje in sestaviti. To je posledica njihove strukturne zapletenosti in velikosti. Čeprav je klon z metodo sekvenciranja klonov zanesljiv, je potrebno dolgo časa za sekvenciranje genomov kompleksnih organizmov. Zato je klon s sekvenciranjem pušk postal zanesljiv cenejši način sekvenciranja, ki ga je mogoče izvajati hitreje. Zato se sodobni znanstveniki pri reševanju zapletenih genomov zanašajo na to metodo zaporedja.

Slika 02: Klon z zaporednimi streli

Med kloniranjem z načinom sekvenciranja strelnih pušk se ne izvajajo običajni koraki kartiranja in kloniranja genoma. Na začetku je celoten genom razdrobljen na različne velikosti od 20 kilobaz do 300 kilobaz. Nato sledi sekvenciranje. Nato je treba s pomočjo izpopolnjene računalniške programske opreme sestaviti fragmente z ogledom prekrivajočih se regij.

Kloniranje s sekvenciranjem puško pomaga izboljšati natančnost obstoječih sekvenc genoma. Glavna prednost te metode je, da je s postopkom sekvenciranja klonov veliko hitrejši in cenejši od klona. Vendar ta postopek ne vključuje uporabe genetske karte. Zato je večja verjetnost, da se bodo napake med sestavljanjem pojavile. Tako je to velika pomanjkljivost pri kloniranju z načinom sekvenciranja pušk.

Kakšne so podobnosti med kloniranjem s kloniranjem in sekvenco puško?

• Oba klona s sekvenciranjem klonov in sekvenco puško sta dve metodi sekvenciranja genomov.
• Med obema tehnikoma zaporedja poteka sestavljanje razčlenjenih fragmentov z identificiranjem prekrivanih regij.
• Razčlenitev DNK na manjše fragmente je potrebna tudi za zaporedje klonov in puško.

Kakšna je razlika med klonom s sekvenciranjem klonov in sekvenco puško?

Kloniranje s tehniko sekvenciranja klonov vključuje dva glavna koraka: kartiranje kromosomov in kloniranje. Nasprotno pa ta dva koraka klon s sekvenciranjem puško ne sledi; naključno razbije zaporedja DNK na številne majhne fragmente in ponovno sestavi zaporedje z opazovanjem prekrivajočih se regij. Zato je to ključna razlika med kloniranjem s sekvenciranjem klonov in sekvenciranjem strelnih pušk. Zaradi tega dejavnika je klon z sekvenciranjem klonov drag in dolgotrajen postopek, medtem ko je klon z sekvenciranjem strelnih pušk hitrejši in cenejši.

Vendar pa se napake med sestavljanjem manj verjetno pojavljajo med kloniranjem s sekvenciranjem klonov. Zato ima visoko zanesljivost. Vendar je kloniranje s strelskim sekvenciranjem razmeroma manj zanesljiva tehnika. Torej, to je tudi pomembna razlika med kloniranjem s sekvenciranjem klonov in sekvenciranjem strelnih pušk.

Spodnja info-grafika predstavlja več informacij o razliki med klonom s sekvenciranjem klonov in sekvenco puško.

Povzetek - Kloniranje s klonskim sekvenciranjem proti zaporedjem puško

Če povzamemo razliko med kloniranjem s sekvenciranjem klonov in sekvenco puško, sta klon z sekvenciranjem klonov in sekvenco puško dve metodi sekvenciranja genomov. Vendar kloniranje s tehniko sekvenciranja klonov vključuje tako kartiranje genoma kot kloniranje, medtem ko kloniranje s sekvenco puško ne. Torej, to je ključna razlika med kloniranjem s sekvenciranjem klonov in sekvenciranjem puško. Ker kartiranje genoma poteka med kloniranjem s sekvenciranjem klonov, je med sestavljanjem sekvenc manj verjetno, da bi prišlo do napak. Toda kloniranje s puškanjem je mnogo hitrejši in cenejši postopek. Vendar je razmeroma manj zanesljiv. Klon s sekvenciranjem klonov je bil najprimernejša metoda sekvenciranja med projektom človeškega genoma. Toda sodobni molekularni biolog se bolj zanaša na klona s sekvenciranjem pušk.

Referenca:

1. "Kaj je kloniranje po klonih?" Dejstva, skupina za javno sodelovanje v kampusu Wellcome Genome, 17. november 2014, dostopno tukaj.
2. "Kaj je sekvenca puško?" Dejstva, skupina za javno sodelovanje v kampusu Wellcome Genome, 17. november 2014, dostopno tukaj.

Vljudnost slik:

1. "Koraki molekularnega kloniranja" avtorja Alexpicardal97 - lastno delo, CC BY-SA 4.0) prek Commons Wikimedia
2. Nacionalni inštitut za zdravje človeškega genoma - Nacionalni inštitut za zdravje. Nacionalni inštitut za raziskavo človeškega genoma. "Govorni slovar o genetskih izrazih." Pridobljeno 17. novembra 2016 (Public Domain) prek Commons Wikimedia