Razlika med benzonazo in DNazo

Ključna razlika - Benzonaza proti DNase
 

Razgradnja nukleinskih kislin je pomembna za številne tehnike molekularne biologije. Široko se uporablja v rekombinantni tehnologiji DNK, da se znebite neželenih fragmentov DNK in RNK. Encimi, ki razgrajujejo nukleinsko kislino, se imenujejo nukleaze in lahko temeljijo na želeni funkciji različnih vrst. Nukleaze, ki razgradijo DNK, so znane kot DNaze, medtem ko so tiste, ki razgradijo RNA, znane RNaze. Ti encimi se večinoma uporabljajo pri in vitro poskusi, kjer v vitro Za izolacijo čiste DNK, RNK ali beljakovin se izvajajo molekularni testi. Benzonaze ​​so vrsta nukleozidov, ki razgradijo tako DNK kot RNK, medtem ko DNaze razgradijo samo DNK. To je ključna razlika med benzonazo in DNazo.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je benzonaza
3. Kaj je DNaza
4. Podobnosti med benzonazo in DNazo
5. Primerjava zraven - Benzonaza proti DNase v tabeli
6. Povzetek

Kaj je benzonaza?

Benzonaza je gensko inženirna endonukleaza iz Serratia marcescens. Ta encim se proizvaja v E. coli gostitelji v industrijskem obsegu. Benzonaza je sposobna cepiti dvoverižno DNK, linearno DNK, krožno DNK in enoverižno RNA. Benzonaza je torej komercialno pomembna. Encim benzonaza je beljakovinski dimer, ki ima 245 enakih aminokislin, ~ 30 kDa podenot z dvema bistvenima disulfidnimi vezmi. Benzonaza cepi nukleinske kisline na svojem 5 'koncu in povzroči drobce s prostimi 5'konci. Benzonaza lahko cepi nukleinske kisline v katerem koli zaporedju, vendar raje območja, bogata z GC.

Benzonaza je shranjena pri -20 ⁰C. Optimalni pH za aktivnost encimov je 8,0 - 9,2. Vloge benzonaze ​​vključujejo pripravo vzorcev za elektroforezo beljakovin 2D, kjer Benzonaza odstrani vezane nukleinske kisline in odstranitev onesnaževal nukleinskih kislin iz rekombinantnih beljakovinskih pripravkov. Uporablja se tudi za zmanjšanje viskoznosti beljakovinskih ekstraktov in preprečuje strjevanje celic v celični mešanici.

Kaj je DNaza?

DNaza je nukleoidni hidrolatni encim, ki je sposoben cepiti samo dvoverižno DNK. Obstajata dve glavni vrsti DNaz: DNaza I in DNaza II. DNaza I sodeluje pri cepitvi dvoverižne DNA, da nastanejo polinukleotidi s 5 'prostimi konci. DNase II sodeluje pri cepitvi dvoverižne DNA za proizvodnjo polinukleotidnih pramenov s 3 'prostimi konci ali previsi.

DNaza I

DNase I deluje pri optimalnem pH med 7,0 - 8,0. Encimska aktivnost je odvisna od številnih ionskih kofaktorjev, ki vključujejo, Ca²⁺, Mg²⁺ ali Mn²⁺. Dejavnost Mg²⁺ in Mn²⁺ odloči funkcijo DNaze I. V prisotnosti Mg²⁺, DNase I odcepi vsak sklop dsDNA neodvisno. To poteka naključno. Nasprotno pa v prisotnosti Mn^2+, encim cepi obe verigi DNK na približno istem mestu. Posledica tega cepitve bo nastala dve vrsti fragmentov DNK; ena vrsta s tupimi konci in druga vrsta z enim ali dvema nukleotidnima previsoma.

Slika 02: DNaza

DNaza II

Funkcije DNase II pri optimalnem pH 4,5-5,0 so potrebni za dvovalentne kovinske ione, podobno kot DNase I. Mehanizem DNase II je sestavljen iz treh glavnih korakov.

1. V hrbtenici DNK se sproži več enojnih prelomov.
2. Nastanejo v kislini topni nukleotidi in oligonukleotidi.
3. V zadnji fazi se pojavi nelinearni hiperkromni premik.

Glavni inhibitorji encima DNase vključujejo kelatorje kovin, prehodne kovine in kemikalije, kot so natrijev dodecil sulfat in β - merkaptoetanol.

Glavne aplikacije DNase vključujejo pripravo RNA ekstraktov brez proteinov in beljakovinskih ekstraktov ter odstranjevanje šablonske DNK med poskusi in vitro transkripcije..

Kakšne so podobnosti med benzonazo in DNazo?

• Oba sta hidrolizni encim.
• Oba sta nuklusa.
• Oba sodelujeta s cepitvijo fosfodiesterskih vezi nukleinskih kislin.
• Oboje zahteva optimalno pH in temperature skladiščenja, da ohrani aktivnost encima.
• Inhibitorji encimov vključujejo kelatna sredstva, prehodne kovine in detergentne kemikalije.
• Aplikacije so osredotočene predvsem na pridobivanje ekstraktov visoke čistosti DNK, RNK in beljakovin.
• Oba encima se lahko proizvajata z genskim inženiringom.

Kakšna je razlika med benzonazo in DNazo?

Benzonaza proti DNase
Benzonaza je encim, ki lahko cepi dvoverično DNK, linearno DNK, krožno DNK in RNK.	DNaza je encim, ki lahko cepi dvoverično DNK.
Substrat za encim
Tako DNK kot RNA sta substrata za benzonazo.	DNK je substrat za DNazo.
Struktura
Optimalno območje pH benzonaze ​​je 7,0 -8,0	Optimalno območje pH DNaze I je 7,0 - 8,0, DNaza II pa 4,5 - 5,0.

Povzetek - Benzonaza proti DNase

Nukleazni encimi se pogosto uporabljajo v različnih eksperimentalnih postopkih v zvezi z molekularno biologijo in genskim inženiringom. Benzonaza in DNase sta dve vrsti nukleozidov. Benzonaza sodeluje pri razgradnji DNK in RNK, medtem ko DNase sodeluje pri cepitvi dvoverižne DNK. To je osnovna razlika med benzonazo in DNazo. Trenutno se obe vrsti nukleaz proizvajata s pomočjo tehnologije rekombinantne DNA, ki daje encime višje kakovosti, ki so optimizirani za največjo proizvodnjo.

Prenesite PDF različico Benzonase proti DNase

Lahko prenesete PDF različico tega članka in jo uporabljate za namene brez povezave, kot je navedeno v navodilu. Prosimo, naložite PDF različico tukaj Razlika med benzonazo in DNase

Reference:

1. „Deoksiribonukleaza I iz goveje trebušne slinavke D5025.“ Sigma-Aldrich, na voljo tukaj. Dostopno 19. septembra 2017.
2. "Deoksiribonukleaza II." Deoxyribonuclease II - priročnik za encim Worthington, na voljo tukaj. Dostopno 19. septembra 2017.

Vljudnost slik:

1. "preobčutljivo mesto na DNK" Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N in sod. - Wang Y-M, Zhou P, Wang L-Y, Li Z-H, Zhang Y-N in sod. (2012) Korelacija med distribucijo preobčutljivih mest na DNase I in ekspresijo genov v celicah HeLa S3. PLOŠČE ENO 7 (8): e42414. doi: 10.1371 / journal.pone.0042414 (CC BY-SA 2.5) prek Commons Wikimedia