Fat32 in NTFS sta bila ustvarjena za sledenje vseh datotek na trdem disku. Maščoba (sistem dodeljevanja datotek), ki sta jo ustvarila Bill Gates in Marc McDonald, je starejša od obeh in je od svojega prvega nastopa v letu 1977 doživela veliko sprememb. Število označuje število bitov, potrebnih za sledenje datoteke. Fat16 je bil standard že nekaj časa, dokler na trg ni prišel trdi disk z zmogljivostjo večjo od 4 GB, na katerem je bil ustvarjen Fat32.
Po drugi strani je datotečni sistem NTFS izhajal iz datotečnega sistema HPFS, ki ga uporabljata OS / 2, ki sta sodelovala IBM in microsoft. Ko se dogovor ni nadaljeval, so se nekatere funkcije sistema HPFS pojavile v NTFS, ko se je pojavil za platformo Windows NT. Od takrat je bil razvit in se pojavlja v novejši različici sistema Windows, kot so XP, Vista in kmalu izide Windows 7. Microsoft ima patent na NTFS in tako ne razkriva nobenih podrobnosti glede datotečnega sistema, ki omogoča samo pogone NTFS berljivi v sistemih Windows že dolgo, čeprav že obstajajo nekatere implementacije linuxa, ki lahko dostopajo do pogonov NTFS, vendar brez svojih vidnih lastnosti.
Fat32 je zelo poenostavljen sistem brez puščic, ki je prav tako zelo dokumentiran. Pravzaprav ne gre prav veliko za spremljanje, kje se datoteke nahajajo. Zato je postal izbira datotečnega sistema za večino prenosnih nosilcev pomnilnika, kot so bliskovni pogoni, mp3 predvajalniki in pomnilniške kartice.
Datotečni sistem NTFS je ravno nasproten, saj ponuja več izboljšav, ki ne izboljšajo le njegove učinkovitosti, ampak tudi varnost. Eden od njih je pregledno stiskanje datotek, ki avtomatsko stisne datoteko, ko je zapisano na disk. To bi lahko sprostilo nekaj prostora na disku, vendar se lahko datoteke naložijo nekaj časa. Druga pa so diskovne kvote, kjer sistemski administrator lahko določi, koliko diska lahko uporablja določen uporabnik.
Izbira med datotečnimi sistemi NTFS in FAT32 je relativno enostavna naloga. Preprosto povedano, NTFS je boljša možnost, ko ga želite namestiti v računalniški sistem Windows. Ne samo zaradi izboljšanja hitrosti, ampak tudi zaradi številnih funkcij. To sicer ni priporočljivo za prenosne medije, saj ima večina naprav in drugih operacijskih sistemov težave ali popolnoma ne morejo dostopati do pogonov NTFS.