Velikost prokariotskih celic je običajno premera 0,2-2,0 mikrometra, medtem ko je evkariontska celica v premeru 10-100 mikrometrov.
Evkarioti so poklicani, da imajo 'pravo jedro', ker vsebuje membrana vezana jedra in je sestavljena iz drugih organelov, kot so lizosomi, Golgijev kompleks, endoplazemski retikulum, mitohondriji in kloroplasti, medtem ko prokarioti nimajo jedrske membrane ali drugih membranskih zaprtih organel.
V prokariotih je flagellum sestavljen iz dveh gradnikov beljakovin; celična stena je kemično zapletena in je sestavljena iz peptidoglikana (en sam velik polimer aminokislin in sladkorja), medtem ko je evkariontov flagellum bolj zapleten z več mikrotubuli in če so prisotne celične stene, so kemično preproste.
V prokariotih se celična delitev zgodi z binarno cepitvijo in ne pride do mejoze, temveč pride samo do prenosa fragmentov DNA s konjugacijo. Delitev celic v evkariotih se pojavi skozi mitozo, spolna reprodukcija pa skozi mejozo.
V evkariotih plazemsko membrano sestavljajo steroli in ogljikovi hidrati. Citoplazma je sestavljena iz citoskeletov in citoplazemski tok je prisoten. Ribosomi so večji (80S) in manjši (70S), kromosomi pa so več in linearno razporejeni s histoni. DNK evkariotov je veliko bolj zapleten kot DNK prokariotov.
V prokariotih plazemska membrana ne vsebuje ogljikovih hidratov ali sterolov. Citoplazma nima citosketetona ali citoplazme. Ribosomi so manjši (70S) in so prisotni z enim krožnim kromosomom, ki ni sestavljen iz histonov.