Razlika med podobnostjo in identiteto v poravnavi zaporedja

The ključna razlika med podobnostjo in identiteto v poravnavi zaporedja je to podobnost je podobnost (podobnost) med dvema zaporedjema v primerjavi, identiteta pa je število znakov, ki se natančno ujemajo med dvema različnima zaporedjema.

Bioinformatika je interdisciplinarno področje znanosti, ki vključuje predvsem molekularno biologijo in genetiko, računalništvo, matematiko in statistiko. Prilagoditev zaporedja je glavni pojem v bioinformatiki. To je postopek, pri katerem so sekvence DNA, RNA ali proteina razporejene tako, da prepoznajo območja podobnosti, ki so posledica funkcionalne, strukturne ali evolucijske povezave med zaporedji. Na koncu poravnave bodo prikazane kot vrstice znotraj matrice. Za poravnavo enakih znakov v zaporednih kolonijah so med ostanki vstavljene vrzeli.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je podobnost v poravnavi zaporedja
3. Kaj je identiteta v poravnavi zaporedja
4. Podobnosti med podobnostjo in identiteto v poravnavi zaporedja
5. Primerjava drug ob drugem - Podobnost v primerjavi z identiteto v poravnavi zaporedja v tabeli
6. Povzetek

Kaj je podobnost?

Podobnost v poravnavi zaporedja je podobnost med dvema zaporedjema v primerjavi. To dejstvo je odvisno od identitete zaporedij. Podobnost prikazuje stopnjo poravnave ostankov. Zato podobne sekvence vsebujejo podobne lastnosti. V bioinformatiki je podobnost orodje za oceno podobnosti dveh beljakovin.

Slika 01: Podobnost v poravnavi zaporedja

Postopek poravnave zaporedja sta dva glavna koraka. Začetni korak je dvojna poravnava, ki pomaga najti optimalno poravnavo med dvema zaporedjema (vključno z vrzeli) z algoritmi, kot so BLAST, FastA in LALIGN. Algoritem ujemanja najde najnižje število operacij urejanja; in-dels in substitucije za uskladitev enega zaporedja z drugim zaporedjem. Po poravnavi v paru je treba iz vsake parne primerjave pridobiti dva količinska parametra. So identiteta in podobnost.

Kaj je identiteta?

Identiteta pri poravnavi zaporedja je število znakov, ki se natančno ujemajo med dvema različnima zaporedjema. Zato se pri presoji identitete ne štejejo vrzeli. Šteje se, da je meritev relativna na krajše zaporedje med dvema zaporedjema. Pomembno pomeni, da ima učinek tam, kjer identiteta zaporedja ni prehodna. Če je X = Y in Y = Z, potem X ni nujno enak Z. To se sklepa v smislu meritve razdalja identitete.

Slika 02: Identiteta v poravnavi zaporedja

Na primer, X ima zaporedje AAGGCTT, Y ima zaporedje AAGGC in Z ima zaporedje AAGGCAT. Identiteta med X in Y je 100% 5 enakih nukleotidov / min [dolžina (X), dolžina (Y)]. Tudi identiteta med Y in Z je 100-odstotna. Toda identiteta med X in Z je le 85% (6 identičnih nukleotidov / 7).

Kakšne so podobnosti med podobnostjo in identiteto v poravnavi zaporedja?

• Podobnost in identiteta sta dva izraza, ki ju uporabljamo pri določanju zaporedja.
• Prav tako se sklicujejo na podobnost med dvema zaporedjema.
• Poleg tega jih izrazimo kot odstotno vrednost.

Kakšna je razlika med podobnostjo in identiteto v poravnavi zaporedja?

Podobnost poravnave pove podobnost med dvema zaporedjema v primerjavi, medtem ko identiteta v poravnavi zaporedja pove količino znakov, ki se natančno ujemata med dvema različnima zaporedjema. Zato je to ključna razlika med podobnostjo in identiteto pri poravnavi zaporedja.

Povzetek - Podobnost v primerjavi z identiteto v zaporedju zaporedja

Poravnava zaporedja pomaga identificirati področja podobnosti v DNA, RNA ali proteinu, ki so nastale zaradi funkcionalne, strukturne ali evolucijske povezave med sekvencami. Torej sta podobnost in identiteta dva ključna pojma v kontekstu poravnave zaporedja. Ključna razlika med tema dvema izrazoma je, da je podobnost podobnost dveh zaporedij v primerjavi, identiteta pa je število znakov, ki se natančno ujemata med dvema različnima zaporedjema. Tako je to povzetek razlike med podobnostjo in identiteto v poravnavi zaporedja.

Referenca:

1. "Identiteta in podobnost - količinski ukrep." Identiteta in podobnost - kvantitativni ukrep, ki je na voljo tukaj.
2. "Poravnava zaporedja." Poravnava zaporedja - Bioinformatics.Org Wiki, dostopno tukaj.

Vljudnost slik:

1. „Filogenija, ki temelji na uskladitvi in ​​poravnavi“ Kolekar Pandurang - Lastno delo (CC BY 3.0) prek Commons Wikimedia
2. "BLAST vzorec proizvodnje" avtor Fdardel - Lastno delo (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia