Razlika med QTL in GWAS

The ključna razlika med QTL in GWAS se opira na vrsto zaporedij, uporabljenih v analizi. QTL uporablja genski lokus za povezovanje za analizo fenotipskih lastnosti, povezanih s poligenskim dedovanjem, medtem ko GWAS uporablja celotna zaporedja genomov za analizo posameznih nukleotidnih polimorfizmov določenega stanja.

QTL karte in GWAS igrajo pomembno vlogo pri genetskih analizah za različne lastnosti. Poleg tega so pomembne pri analizi različnih bolezenskih stanj z neznano etiologijo. Poleg tega ima sekvenciranje ključno vlogo pri obeh tehnikah. Te tehnike se lahko poleg tega povečajo z drugimi visokimi pretočnimi tehnikami za večjo natančnost in natančnost.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je QTL 
3. Kaj je GWAS
4. Podobnosti med QTL in GWAS
5. Primerjava ob strani - QTL proti GWAS v tabeli
6. Povzetek

Kaj je QTL?

QTL pomeni Kvantitativni lokus lastnosti. Gre za območje DNK, povezano s fenotipsko lastnostjo. Na splošno QTL povzroča poligene učinke. Porazdelitev QTL-jev je različna, število QTL-jev pa kaže na stopnjo variacije določene fenotipske lastnosti. Poleg tega ponavadi kodirajo osnovne lastnosti in ne diskretnih lastnosti.

Pri identifikaciji QTL regij je pomembno zaporedje določenega QTL področja. Poleg tega za lažje preiskave in raziskave poteka zaporedje in shranjevanje podatkov o zaporedjih v skupnih regijah QTL z vključitvijo bioinformatike. To tehniko imenujemo QTL preslikava. Nato se naredi baza podatkov z zaporedji regij QTL.

Slika 01: QTL Scan

Poleg tega se aplikacije sekvence QTL opirajo predvsem na orodje BLAST, kjer je mogoče določiti podobnost zaporedja. Pomembno je pri ugotavljanju razmerij med organizmi. Poleg tega je pomembno pri določanju zahtevnosti določenega poligenega fenotipa. Prav tako določa evolucijo določene lastnosti.

Trenutno je QTL analiza kombinirana z drugimi tehnikami visoke prepustnosti, kot so mikroraščice DNK. To je pomembno pri ekspresijski analizi fenotipa. Trenutno so znanstveniki veliko zainteresirani za razvoj baze QTL, saj so regije QTL odgovorne za številne pomembne lastnosti različnih vrst.

Kaj je GWAS?

GWAS pomeni Študija združevanja genomov. Nanaša se tudi na študije o celotnem genomu. Te študije so osredotočene predvsem na opazovalne študije. Analizira genetske različice različnih posameznikov, ki so običajno povezane z določeno lastnostjo. Poleg tega je za analizo GWAS pomemben celoten genom.

Slika 02: GWAS

GWAS je pomembno orodje pri analizi enojnih nukleotidnih polimorfizmov, povezanih z različnimi bolezenskimi stanji. To je tudi primerjalna študija različnih polimorfizmov posameznih nukleotidov pri široki populaciji. Poleg tega je študijski vzorec GWAS zelo velik; torej tudi v obliki kohortne študije preseka.

Poleg tega je bila izvedena prva študija GWAS glede miokardnega infarkta in analize genov, povezanih s miokardnim infarktom. Trenutno ima GWAS pomembno vlogo pri določanju genetskega ozadja zapletenih bolezni z neznano etiologijo.

Kakšne so podobnosti med QTL in GWAS?

• Za analizo se zanašajo na podatke o zaporedjih DNK.
• Obe sta povezani z genetskimi ozadji različnih znakov.
• Poleg tega potrebujejo orodja za bioinformatiko za sklepanje in interpretacijo rezultatov.
• Opravljajo jih na velikih populacijah.

Kakšna je razlika med QTL in GWAS?

QTL analizira fenotipske lastnosti, povezane s poligenim dedovanjem, z uporabo povezanih genskih lokusov, medtem ko GWAS analizira eno nukleotidne polimorfizme določenega stanja z uporabo celih sekvenc genoma. Tako je to ključna razlika med QTL in GWAS. QTL preslikava je primerljivo manj zapletena tehnika kot GWAS, saj zahteva celotno sekvenco genoma.

Spodnja infografija povzema razliko med QTL in GWAS v tabeli.

Povzetek - QTL proti GWAS

QTL preslikava in GWAS igrata pomembno vlogo pri določanju genetskega ozadja različnih fenotipskih lastnosti. Pomagajo tudi pri analizi genetskega ozadja različnih bolezni. QTL preslikava preslikave genov za povezavo, ki so odgovorni za neprekinjene lastnosti, vključuje pa tudi preslikavo genov za dedno dedovanje. Po drugi strani pa GWAS poteka s celimi genomi, ki analizirajo polimorfizme posameznih nukleotidov. Poleg tega se to dogaja pri večji populaciji. Tako je to povzetek razlike med QTL in GWAS.

Referenca:

1. Liu, Ruixian in sod. „Analiza GWAS in prepoznavanje lastnosti kakovosti vlaken in sestavnih delov QTL v visokoplastnem bombažu z uporabo obogatenih SNP označevalcev visoke gostote.“ Meje v rastlinski znanosti, Frontiers Media S.A., 13. septembra 2018, dostopno tukaj.
2. „GWAS Vs. Qtl preslikava? " Najnovejše objave, na voljo tukaj.

Vljudnost slik:

1. "Primer genskega QTL-skeniranja iz PLoS Biology" - Styrkarsdottir U, Cazier JB, Kong A, Rolfsson O, Larsen H in sod. (2003) Povezava osteoporoze s kromosomom 20p12 in povezava z BMP2. PLoS Biol 1 (3): e69 (CC BY 2.5) prek Commons Wikimedia
2. "Učinki alelov na bolezni GWAS" Bush WS in Moore JH - Bush WS, Moore JH (2012) Poglavje 11: Študije združevanja genomov. PLoS Comput Biol 8 (12): e1002822. doi: 10.1371 / journal.pcbi.1002822, (CC BY 2.5) prek Commons Wikimedia