Razlika med proteomiko in transkriptomiko

Ključna razlika - proteomika vs Transcriptomics
 

Omic tehnologija je trenutni trend, kjer se različne biomolekule organizma obravnavajo kot celotna zbirka glede na njegove lastnosti in funkcije. Omic tehnologija ima široko paleto aplikacij. Različne omice biološkega vzorca vključujejo genomiko, proteomiko, transkriptomiko in metabolomiko. Proteomics vključuje popolno preučevanje vseh beljakovin v živem organizmu. Opredeljena je kot nabor vseh izraženih beljakovin v organizmu, njegovih strukturnih in funkcionalnih lastnostih. Zato celoten nabor beljakovin tvori proteome. Transcriptomics je popolna raziskava vseh molekul RNA (mRNA), prisotnih v živem organizmu. Tako se transkriptomika ukvarja z geni, ki se aktivno izražajo v živem organizmu. Skupni nabor mRNA v živem organizmu se imenuje kot transkript. The ključna razlika med Proteomics in Transcriptomics temelji na vrsti biomolekule. V proteomiki se preučuje celoten nabor izraženih beljakovin v živem organizmu, medtem ko v transkriptomiji preučujemo skupno mRNA živega organizma.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je Proteomics
3. Kaj je transkriptomija
4. Podobnosti med proteomiko in transkriptomiko
5. Primerjava ob strani - Proteomics vs Transcriptomics v tabeli
6. Povzetek

Kaj je Proteomics?

Izraz proteomics je bil skovan leta 1995 in je bil sprva opredeljen kot celotno proteinsko dopolnilo v celici, tkivu ali organizmu. Z napredovanjem proteomskih študij so ga nato spremenili in ga obravnavali kot krovni izraz, v katerega so bila vključena številna študijska področja. Trenutno pod temo proteomika preučujejo strukturo, orientacijo, funkcije, njene interakcije, spremembe, uporabo in pomen proteinov. Zato se trenutno na področju proteomike izvaja veliko raziskav.

Prve proteomske študije so bile narejene za ugotavljanje vsebnosti beljakovin v Escherichia coli. Preslikavo celotne vsebnosti beljakovin smo izvedli z uporabo dvodimenzionalnih (2D) gelov. Po uspehu tega so znanstveniki prešli na določitev skupne vsebnosti beljakovin v živalih, kot so morski prašički in miši. Trenutno preslikavo beljakovin pri ljudeh izvajamo z 2D gel elektroforezo.

Uporaba Proteomics

Prednosti proučevanja proteomike so številne, saj so beljakovine zaradi katalizatorskih lastnosti proteinov vodilne molekule večine aktivnosti. Tako lahko študija celih beljakovin zagotavlja informacije o zdravstvenem stanju organizma. Nekatere aplikacije so;

1. Opomba o genomu: S preučevanjem vsebnosti beljakovin v organizmu je mogoče določiti natančne genome, odgovorne za aktivno proteinsko spojino. V tem scenariju so pomembni vsi rezultati genomike, transkriptomija in proteomika.
2. Identifikacija bolezni / diagnostika: Proteomics se uporablja pri prepoznavanju bolezenskega stanja s primerjavo zdravih in obolelih
3. Za izvedbo ekspresija proteinov med eksperimentiranjem.
4. Spremembe beljakovin in študije interakcij: Za uporabo beljakovin v vitro pogoji ali in in vivo pogoje, da določi pogoje skladiščenja teh ekstrahiranih beljakovin in preuči vedenje beljakovin v in vitro, in vivo in in - silikonske metode.

Slika 01: Proteomika

V proteomiko obstajajo različne tehnike

1. Ekstrakcija celotnega proteina in ločevanje beljakovin z uporabo 2D gel elektroforeze. Beljakovine lahko ločimo tudi z visokozmogljivo tekočinsko kromatografijo (HPLC).
2. Sekvenciranje ekstrahiranih beljakovin z uporabo metod, kot sta Edmundova metoda sekvenciranja ali masna spektrometrija.
3. Ko so zaporedja opredeljena, se strukturne in funkcionalne lastnosti vsebnosti beljakovin analizirajo z računalniško podprto programsko opremo in orodja za bioinformatiko.

Kaj je Transcriptomics?

Prepisni izraz je bil skovan pred kratkim. Transcriptomics je študija celotne vsebnosti mRNA v organizmu. Skupna mRNA je izražena DNK v živem organizmu ali celici. Celotna zbirka mRNA se imenuje kot transkript.

Ukrepi za analizo prepisa vključujejo,

1. Ekstrakcija RNA, ločitev mRNA z uporabo kolonske gel kromatografije s poli DT kroglicami.
2. Naredimo sekvenciranje mRNA.

Microarray tehnologija je eden pogostih načinov za identifikacijo transkripta organizma. Mikroračunska tehnika vključuje sondno ploščo z dopolnilnimi nitmi transkripta. Po hibridizaciji lahko karakteriziramo mRNA, prisotno v organizmu ali celicah.

Slika 02: Transkriptomske tehnike

Transcriptomics se danes široko uporablja na medicinskem področju. Diagnostika bolezni in profiliranje bolezni sta glavni področji, na katerih se uporablja Transcriptomics. Z analizo prepisa organizma je mogoče ugotoviti tujo mRNA in če obstaja kakšna okužba, jo lahko prepoznamo. Nekodirano RNA lahko ločimo s pomočjo transkriptomskih tehnologij. In tudi lahko spremljamo izražanje genov pod različnimi okoljskimi obremenitvami.

 Kakšne so podobnosti med proteomiko in transkriptomiko?

• Oboje je del koncepta omic tehnologije.
• Oboje uporabljamo pri diagnostiki bolezni in karakterizaciji bolezni organizma.
• Obe študijski področji sta vključevali ekstrakcijo biomolekule, ločevanje biomolekule in zaporedne korake.

Kakšna je razlika med proteomiko in transkriptomiko?

Protemics vs Transcriptomics
Proteomics vključuje popolno preučevanje vseh beljakovin v živem organizmu.	Transcriptomics je popolna raziskava vseh molekul RNA (mRNA), prisotnih v živem organizmu.
Študiral bio molekulski tip
Proteine ​​preučujemo v proteomiki.	mRNA preučujemo v transkriptomiji.
Preučeni dejavniki
Strukturo, delovanje, interakcije, modifikacije in uporabo proteinov preučujemo v proteomiki.	Struktura zaporedja, interakcije z okoljem in aplikacije mRNA se preučujejo v transkriptomiji.

Povzetek - Proteomics vs Transcriptomics 

Omics igrajo pomembno vlogo na področju znanosti o življenju. Proteomics se nanaša na preučevanje proteome, ki tvori celotne zbirke beljakovin v celici ali organizmu. Transcriptomics se nanaša na preučevanje transcriptoma, ki je celoten sklop izražene DNK, ki je v obliki mRNA. Dve študijski področji, proteomika in transkriptomija, sta bili pridobljeni po uvedbi genomike in se trenutno široko uporabljata v medicinski diagnostiki ter pri karakterizaciji in presejanju organizmov. To je razlika med proteomiko in transkriptomiko.

Prenesite PDF Proteomics vs Transcriptomics

Lahko prenesete PDF različico tega članka in jo uporabite za namene brez povezave, kot je navedeno v navodilu. Prenesite PDF različico tukaj: Razlika med Proteomics in Transcriptomics

Referenca:

1.Horgan, Richard P in Louise C Kenny. "Omične" tehnologije: genomika, transkriptomija, proteomika in metabolomika. " Porodničar in ginekolog, Blackwell Publishing Inc, 18. julij 2011. Na voljo tukaj  
2.Graves, Paul R. in Timothy A. J. Haystead. "Priročnik molekularnega biologa o proteomiki." Microbiology and Molecular Biology Reviews, Ameriško združenje za mikrobiologijo, mar. 2002. Na voljo tukaj
3.Lowe, Rohan in sod. "Tehnologije transkriptomike." PLoS Računalniška biologija, Javna knjižnica znanosti, maj 2017. Na voljo tukaj  

Vljudnost slik:

1.'Proteomics'By Xxl7441 v angleški Wikibooks - Preneseno iz en.wikibooks v Commons., (Public Domain) prek Commons Wikimedia
2. 'Mikronaredba in zaporedna pretočna celica' Thomas Shafee - Lastno delo (CC BY 4.0) prek Commons Wikimedia