Razlika med severnim južnim in zahodnim pikom

Ključna razlika - Severni proti Južnemu proti Zahodnemu Blottingu
 

Odkrivanje specifičnih sekvenc DNA, RNA in proteinov je bistvenega pomena za različne vrste raziskav v molekularni biologiji. Gelna elektroforeza je tehnika, ki loči DNA, RNA in proteine ​​glede na njihovo velikost. Z gelovskih profilov se posebna DNA zaporedje, zaporedje RNA ali beljakovine odkrijejo s posebnimi tehnikami, imenovanimi blotiranje in hibridizacija z označenimi sondami. Obstajajo tri različne vrste blotting metode, in sicer južno, severno in zahodno. Ključna razlika med severnim južnim in zahodnim pleskanjem je v vrsti molekule, ki jo zazna v vzorcu. Southern blotting je metoda, ki odkrije določeno zaporedje DNA iz vzorca DNK. Northern blotting je tehnika, ki odkrije določeno zaporedje RNA iz vzorca RNA. Western blotting je metoda, ki odkrije določen protein iz vzorca beljakovin.

VSEBINA
1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je južna pika
3. Kaj je severni bloting
4. Kaj je Western bloting
5. Primerjava zraven - Severni proti Južnemu proti zahodnemu blotu
6. Povzetek

Kaj je južni bloting?

Tehnologijo južnega pleskanja je razvil E. M. Southern leta 1975 za identifikacijo specifičnega zaporedja DNK iz vzorca DNK. To je prva pivna tehnika, uvedena v molekularni biologiji. Omogočil je zaznavanje specifičnih genov iz DNK, specifičnih fragmentov iz DNK. V tehniki južnega pleskanja je vključenih več korakov. So naslednji.

1. DNA je izolirana iz vzorca in prebavljena z restrikcijskimi endonukleazami.
2. Prebavljen vzorec ločimo z elektroforezo gela Agarose.
3. Fragmenti DNK v gelu se z uporabo alkalne raztopine denaturirajo v posamezne niti.
4. Enovendna DNA se s kapilarnim prenosom prenese na filtrirno membrano nitroceluloze.
5. Prenesena DNK se fiksira na membrano.
6. Fiksna DNA na membrani je hibridizirana z označenimi sondami.
7. Nevezana DNK se s spiranjem odstrani iz membrane.
8. Rentgenski film je izpostavljen membrani in pripravljen je avtoradiograf.

Southern blotting se uporablja za različne vidike molekularne biologije. Uporabna je pri RFLP kartiranju, forenzičnih študijah, metilaciji DNK v ekspresiji genov, odkrivanju mutiranih genov pri genetskih motnjah, odtisu prsta z DNK itd..

Slika 01: Tehnika južne pike

Kaj je severni bloting?

Northern blotting je metoda, namenjena odkrivanju določenega zaporedja RNA ali mRNA sekvence iz vzorca za proučevanje genske ekspresije. To tehniko so Alwine, Kemp in Stark razvili leta 1979. Od teh korakov se razlikuje od južne in zahodne pike. Vendar pa se ta tehnika izvaja tudi z elektroforezo z geli, blotiranjem in hibridizacijo s specifično označenimi sondami in odkrivanjem. Tehnika severnega pleskanja se izvaja na naslednji način.

1. RNA se ekstrahira iz vzorca in loči z gel elektroforezo.
2. RNA se prenese iz gela na blottacijsko membrano in fiksira.
3. Membrana je obdelana z označeno sondo, pripravljeno iz cDNA ali RNA (sonda je komplementarna določenemu zaporedju v vzorcu).
4. Sonda se inkubira z membrano, da se veže z določenim zaporedjem.
5. Nevezane sonde se izperejo.
6. Hibridizirane drobce odkrijemo z avtoradiografom.

Northern blotting je pomembno orodje pri odkrivanju in kvantificiranju hibridizirane mRNA, preučevanju razgradnje RNA, ocenjevanju razpolovnega časa RNA, odkrivanju spajanja RNA, preučevanju izražanja genov itd..

Slika 02: Severni bloting

Kaj je Western Blotting?

Western blotting je metoda odkrivanja specifičnega proteina iz beljakovinske mešanice z uporabo označenih protiteles. Zato je Western blot znan tudi kot an imunoblot. To tehniko je uvedel Towbin et al leta 1979 in se zdaj rutinsko izvaja v laboratorijih za analizo beljakovin. Koraki so naslednji.

1. Beljakovine se izločijo iz vzorca
2. Beljakovine ločimo po velikosti s pomočjo elektroforeze poliakrilamidnega gela
3. Ločene molekule se z elektroporacijo prenesejo v membrano PVDF ali nitrocelulozo
4. Membrana je blokirana zaradi nespecifične vezave s protitelesi
5. Preneseni proteini se vežejo s primarnim protitelesom (protitelesa, označena z encimi).
6. Membrana se spere, da se odstranijo nespecifično vezana primarna protitelesa
7. Vezana protitelesa zaznamo z dodajanjem substrata in zaznavanjem obarvane oborine

Western blotting je koristen pri odkrivanju protiteles proti HIV v vzorcu človeškega seruma. Western blot se lahko uporablja tudi kot potrditveni test za okužbo s hepatitisom B in dokončni test za bolezen norih krav.

Slika 03: Western bloting

Kakšna je razlika med severnim južnim in zahodnim blotingom?

Severni proti Južnemu vs Zahodnemu Blottingu
Vrsta zaznane molekule
Severna pika	Northern blotting zazna specifično zaporedje RNA iz vzorca RNA.
Južna pika	Southern blotting zazna specifično zaporedje DNK iz vzorca DNK.
Western Blotting	Western blotting zazna poseben protein iz vzorca beljakovin.
Vrsta gela
Severna pika	Pri tem uporabljamo agarozo / formaldehidni gel.
Južna pika	Za to uporablja gel Agaroza.
Western Blotting	Pri tem uporabljamo poliakrilamidni gel.
Metoda brušenja
Severna pika	To je kapilarni prenos.
Južna pika	To je kapilarni prenos.
Western Blotting	To je električni prenos.
Uporabljene sonde
Severna pika	cDNA ali RNA sonde, označene radioaktivno ali neradioaktivno.
Južna pika	DNK sonde so označene radioaktivno ali neradioaktivno.
Western Blotting	Primarna protitelesa se uporabljajo kot sonde.
Sistem zaznavanja
Severna pika	To se naredi z avtoradiografom ali odkrivanjem svetlobe ali spremembe barve.
Južna pika	To se naredi z uporabo avtoradiografa, zaznavanja svetlobe ali spremembe barve.
Western Blotting	To se naredi s pomočjo zaznavanja svetlobe ali spremembe barve.

Povzetek - Severni proti Južnemu proti zahodnemu Blottingu

Pljuvanje je posebna tehnika, razvita za identifikacijo specifične DNK, RNK ali proteina iz vzorcev. Obstajajo trije ločeni postopki za pikanje, in sicer severni, južni in zahodni, da odkrijemo določeno vrsto molekule. Tehnika Northern blotting je zasnovana tako, da odkrije določeno zaporedje RNA iz mešanice RNA. Southern blotting tehnika omogoča odkrivanje specifičnega zaporedja DNK iz vzorca DNK, Western blotting tehnika pa je razvita za identifikacijo specifičnega proteina iz beljakovinske mešanice.

Reference
1. Gibbons, Janay. "Western Blot: Pregled prenosa beljakovin." Severnoameriški časopis za medicinske vede. Medknow Publikacije & Media Pvt Ltd, marec 2014. Splet. 27. mar. 2017
2. Brown, T. "Southern blotting." Trenutni protokoli v imunologiji. Ameriška nacionalna medicinska knjižnica, maj 2001. Splet. 27. mar. 2017
3. On, Shan L. "Severni ples." Metode v encimologiji. Ameriška nacionalna medicinska knjižnica, 2013. Splet. 27. mar. 2017

Vljudnost slik:
1. „Severna blok shema“ RNA405 - Lastno delo (javno delo) prek Commons Wikimedia
2. "Western blot 114A" avtorja Amanthabagdon - Lastno delo (Public Domain) prek Commons Wikimedia