Razlika med Nick prevodom in podaljševanjem primerkov

Ključna razlika - Nick Translation vs Primer Extension
 

Prevajanje Nicka in podaljšanje osnovnega premaza sta dve pomembni tehniki, ki se izvajata v molekularni biologiji. Ključna razlika med prevajanjem nick-a in podaljškom primerja je v tem Nick proces prevajanja proizvaja označene sonde za druge tehnike hibridizacije medtem metoda podaljšanja primerov identificira specifično zaporedje RNA iz mešanice in razkrije podatke o ekspresiji mRNA. Obe tehniki imata velik pomen in se rutinsko izvajata v laboratorijih za molekularne raziskave.

VSEBINA
1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je Nick prevod
3. Kaj je podaljšanje primera
4. Primerjava ob strani - Nick Translation vs Primer Extension
5. Povzetek

Kaj je prevod Nick?

Nick prevod je pomembna tehnika, ki se uporablja za pripravo označenih sond za različne molekularne biološke tehnike, kot je blot, in situ hibridizacija, fluorescenčna in situ hibridizacija itd in vitro metoda označevanja DNK. DNK sonde se uporabljajo za identifikacijo specifičnih sekvenc DNA ali RNA. S pomočjo označene sonde lahko določene fragmente označimo ali vizualiziramo iz zapletene mešanice nukleinske kisline. Zato so označene sonde pripravljene z različnimi tehnikami, ki se uporabljajo za različne tehnike. Nick prevod je ena taka metoda, ki proizvaja označene sonde s pomočjo encimov DNase 1 in DNA polimeraze 1.

Postopek prevajanja niklja se začne z aktivnostjo encima DNase 1. DNaza 1 vnese matice v fosfatno hrbtenico dvoverižne DNA s cepitvijo fosfodiesterskih vezi med nukleotidi. Ko bo vzdevek ustvarjen brezplačno, bo nastala 3 'OH skupina nukleotida in nanj bo deloval encim DNA polimeraza 1. 5 'do 3' delovanje eksonukleaze DNA polimeraze 1 odstranjuje nukleotide iz nikca proti 3 'smeri verige DNA. Hkrati polimerazna aktivnost encima DNK polimeraza 1 deluje in dodaja nukleotide, da nadomesti odstranjene nukleotide. Če so bili nukleotidi označeni, bo prišlo do zamenjave z označenimi nukleotidi in bo to označilo DNK za identifikacijo. Ta na novo sintetizirana označena DNK se lahko uporablja kot sonde v različnih reakcijah hibridizacije v Molekularni biologiji.

Slika 01: Postopek prevajanja Nicka

Kaj je podaljšanje primera?

Podaljševanje primera je tehnika, ki se uporablja za iskanje specifičnega zaporedja RNA iz mešanice RNA in iskanje 5 'konca mRNA prepisa. Uporablja se tudi za proučevanje strukture RNK in izražanja. Metoda podaljšanja temeljnega premaza se izvaja z označenimi osnovnimi premazi ali z označenimi nukleotidi. Če se uporabljajo označeni primeri, to izključuje potrebo po označevanju nukleotidov, ki se uporabljajo za sintezo cDNA. V tej tehniki je več korakov. Začne se z ekstrakcijo RNA iz vzorca. Nato dodamo označeni primerek oligonukleotida v zmes skupaj s potrebnimi sestavinami za sintezo cDNA določenega zaporedja RNA. Primer segreje s komplementarnim zaporedjem iz mešanice. Z uporabo zaporedja, ki ga segreva prajmer kot predloga, encimska reverzna transkriptaza sintetizira komplementarno DNA (cDNA) zaporedja RNA. Primeri žarjenja in povratne transkripcije se pojavijo le, če je v vzorcu prisotno specifično zaporedje RNA. Ko končamo z denaturacijo gelne elektroforeze, lahko določimo velikost sekvence RNA. Prav tako je enostavno najti +1 osnovo zaporedja mRNA (mesto iniciacije transkripcije) po metodi podaljšanja primerov. Količino mRNA, ki je prisotna v vzorcu, je mogoče s to metodo količinsko določiti, če uporabimo presežni temeljni premaz.

Slika 02: Podaljšek primera

Kakšna je razlika med prevodom Nick in podaljšanjem primerkov?

Nick Translation vs Primer Extension
Prevajanje Nicka je postopek, ki ustvarja označene DNA sonde za različne reakcije hibridizacije.	Podaljševanje primerov je tehnika, ki se uporablja za iskanje specifične RNA ali za proučevanje genske ekspresije.
Encimi, ki se uporabljajo
Uporabljata se encima DNase 1 in DNA polimeraza.	Uporablja se encim za reverzno transkriptazo.
Pomen
Prevod Nicka olajša označevanje določenega zaporedja DNK.	Podaljševanje primera omogoča zaznavanje specifične velikosti zaporedja mRNA in količine, prisotne v vzorcu.

Povzetek - Nick Translation vs Primer Extension

Nick prevod je metoda, ki se uporablja za sintezo označenih sond na podlagi aktivnosti DNase 1 in E coli Encimi DNA polimeraze 1. Je in vitro metoda, uporabljena v laboratorijih pred različnimi tehnikami hibridizacije. Med nick prevodom 5'-3 'eksonukleazna aktivnost DNA polimeraze 1 odstranjuje nukleotide pred nikso, polimerazna aktivnost DNK polimeraze 1 pa nadomešča odstranjene nukleotide z označenimi nukleotidi za vzdevkom. Podaljševanje primerov je metoda, ki se uporablja za odkrivanje specifičnega prepisa RNA iz mešanice in količinsko določitev velikosti in količine zanimive RNA. To je razlika med prevajanjem niksov in podaljševanjem temeljnega premaza.

Reference
1. Reid, Alex. "Nikov prevod." Springer. N.p., n.d. Splet. 18. april 2017
2. "Podaljšek primera." Nacionalna diagnostika. N.p., n.d. Splet. 19. april 2017
3. Kuo, M. T. in W. Plunkett. "Nik-prevod metafaznih kromosomov: in vitro označevanje nuklearno-preobčutljivih regij v kromosomih." Zbornik Nacionalne akademije znanosti Združenih držav Amerike. Ameriška nacionalna medicinska knjižnica, februar 1985. Splet. 19. april 2017
4. Raymond et al. "Enostaven, kvantitativni PCR test za razširitev primerov za neposredno spremljanje mikroRNA in kratkoročno motečih RNA." RNA. Copyright 2005 z RNA Society, november 2005. Splet. 19. april 2017

Vljudnost slik:
1. "Primer podaljšanja primerov" Jjnmmnjj - Lastno delo (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia