Razlika med gelo elektroforezo in SDS

Ključna razlika - Gel Electrophoresis vs SDS Stran
 

Gelna elektroforeza je tehnika, ki ločuje makromolekule v električnem polju. V molekularni biologiji je običajna metoda za ločevanje DNK, RNK in beljakovin od zmesi glede na njihove molekularne velikosti. SDS Page je vrsta gel elektroforeze, ki se uporablja za ločevanje beljakovin od beljakovinske mešanice glede na njihovo velikost. Gel elektroforeza je izraz, ki se uporablja za označevanje običajne tehnike, ki se uporablja za ločevanje DNK, RNA in proteinov medtem Stran SDS je ena vrsta gel elektroforeze. To je ključna razlika med gel elektroforezo in SDS Page.

VSEBINA
1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je elektroforeza z geli
3. Kaj je stran SDS
4. Primerjava ob strani - Gel Electrophoresis vs SDS Stran
5. Povzetek

Kaj je gel elektroforeza?

Gel elektroforeza je običajna tehnika, ki se uporablja v laboratorijih za ločevanje napolnjenih molekul, kot so DNK, RNA, beljakovine itd. Od njihovih mešanic. Pri elektroforezi se uporablja gel. Deluje kot molekularno sito. Obstajata dve vrsti gelov, ki se uporabljajo v elektroforezi z geli, in sicer agaroza in poliakrilamid. Izbira gela in gelnega pripravka sta pomembna dejavnika, ki ju je treba upoštevati pri gelskih elektroforezah, saj je treba velikost por gela skrbno manipulirati za dobro ločitev molekul z gel elektroforezo. Gel elektroforeza ima električno polje, povezano na dva konca gela. En konec gela ima pozitiven naboj, drugi konec pa negativno nabit.

DNA in RNA sta negativno nabiti molekuli. Ko se z negativnega konca gela naložijo v gel in se nanesejo na električno polje, se premikajo skozi pore gela proti pozitivno nabitemu koncu gela. Hitrost selitve je odvisna od naboja in velikosti molekule. Manjše molekule zlahka migrirajo skozi pore gela kot večje molekule. Tako manjše molekule potujejo veliko razdaljo skozi gel, večje molekule pa na kratke razdalje. Za opazovanje potovanja molekul na gelu se uporabljajo posebne vrste barvil. Električno polje se uporablja za določeno časovno obdobje in se ustavi, da prepreči izgubo molekul in da molekule zadržijo na svojih prevoženih položajih. V gelu lahko opazimo različne pasove. Ti pasovi predstavljajo molekule različnih velikosti. Zato je gel elektroforeza uporabna za razlikovanje molekul glede na njihovo velikost.

Gel elektroforeza je vključena v različne tehnike kot pripravljalna tehnika v molekularni biologiji, kot so PCR, RFLP, kloniranje, sekvenciranje DNK, južni blot, kartiranje genoma itd..

Slika 01: Elektroforeza z agaroznim gelom

Kaj je stran SDS?

Elektroforeza z natrijevim dodecil sulfatnim poliakrilamidnim gelom (SDS Page) je vrsta gel elektroforeze, ki se uporablja za ločevanje beljakovin. Kadar se z gelo elektroforezo uporablja za ločevanje beljakovin, so potrebni posebni načini zdravljenja, saj se beljakovine ne naberejo negativno, kot sta DNK in RNA, in ne migrirata proti pozitivnemu ali negativnemu koncu. Zato so proteini denaturirani in prevlečeni z negativnim nabojem pred elektroforezo v gelu. Izvaja se z detergentom, imenovanim natrijev dodecil sulfat (SDS). Gelna elektroforeza, ki za podporni medij uporablja SDS in poliakrilamidni gel, je znana kot SDS Page. Ta tehnika se pogosto uporablja v biokemiji, genetiki, forenziki in molekularni biologiji.

Med stranjo SDS se proteini mešajo s SDS. SDS razvije beljakovine v linearno obliko in jih prevleče z negativnim nabojem, sorazmernim z njihovo molekulsko maso. Zaradi negativnega naboja se beljakovinske molekule selijo proti koncu gela s pozitivnim nabojem in se ločijo glede na njihove molekularne mase. V SDS Page se kot trdna podpora za gel uporablja poliakrilamid. Dejansko ločevanje beljakovin je v glavnem odvisno od lastnosti gela. Zato je treba skrbno opraviti pripravo poliakrilamidnega gela in uporabiti pravilne koncentracije poliakrilamida. Poliakrilamidni geli imajo visoko ločljivost kot geli agaroze. Zato SDS Page velja za visoko ločljivo tehniko ločevanja beljakovin.

Stran SDS je vrsta denaturacijske gel elektroforeze. Ima veliko omejitev pri analizi beljakovin. Ker SDS denaturira beljakovine pred ločitvijo, ne omogoča zaznavanja encimske aktivnosti, interakcij vezave na beljakovine, proteinskih kofaktorjev itd..

Slika 02: Stran SDS

Kakšna je razlika med Gel Electrophoresis in SDS Page?

Gel Electrophoresis vs SDS Stran
Gel elektroforeza je metoda, ki se izvaja za ločevanje makromolekul z uporabo električnega polja.	SDS Page je tehnika elektroforeze z visoko ločljivostjo, ki se uporablja za ločevanje beljakovin glede na njihovo maso.
Gel Run
Izvaja se lahko vodoravno ali navpično.	Stran SDS vedno deluje navpično.
Podlaga za ločitev
Ločevanje poteka glede na naboj in velikost.	Ločevanje beljakovin poteka glede na maso in naboj.
Resolucija
Elektroforeza gela z agarozo ima nizko ločljivost, elektroforeza z geli poliakrilamida pa višjo ločljivostjo	Stran SDS ima boljšo ločljivost.
Denaturacija
Gel elektroforeza vključuje tehnike denaturiranja in nenačrpavanja.	Stran SDS SDS denaturira beljakovine pred ločitvijo.

Povzetek - Gel Electrophoresis vs SDS Stran

Gel elektroforeza je običajna tehnika, ki se uporablja za ločevanje in analizo DNK, RNK in proteinov glede na njihovo velikost in naboj. Obstajata dve glavni vrsti gel-elektroforeze, in sicer agarozna gel elektroforeza in poliakrilamidna elektroforeza. Agarozni geli se uporabljajo predvsem za ločevanje nukleinskih kislin; kadar je potrebna višja ločljivost, se uporabljajo poliakrilamidni geli. SDS Page je vrsta gel elektroforeze, ki se običajno uporablja za ločevanje kompleksnih mešanic beljakovin. Velja za tehniko ločevanja beljakovin z visoko ločljivostjo. To je razlika med gel elektroforezo in SDS Page.

Reference:
1. Nowakowski, Andrew B., William J. Wobig in David H. Petering. „Native SDS-PAGE: Elektrofretrično ločevanje beljakovin z visoko ločljivostjo z zadrževanjem naravnih lastnosti, vključno z vezanimi kovinskimi ioni. www.ncbi.nlm.nih.gov. N.p., maj 2014. Splet. 7. april 2017
2. Stellwagen, Nancy C. "Elektroforeza DNK v agaroznih gelih, poliakrilamidnih gelih in v prosti raztopini." Elektroforeza. Ameriška nacionalna medicinska knjižnica, junij 2009. Splet. 07. april 2017

Vljudnost slik:
1. „Gelelektrophoreseapparatur“ (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia
2. "Elektroforeza z gel agarozo DNA" v šoli naravnih virov iz Ann Arbor - laboratorij za DNK (CC BY 2.0) prek Commons Wikimedia