Razlika med FISH in CGH

The ključna razlika med FISH in CGH je to FISH je molekularna tehnika, ki zazna specifično zaporedje DNK na kromosomu s pomočjo fluorescentno označenih sond, CGH pa je še ena molekularna citogenetska tehnika, ki zazna spremembe v genski DNK.

Citogenetska analiza ima pomembno vlogo v medicini pri odkrivanju kromosomskih nepravilnosti, kot so aneuploidije, brisanja, podvajanja in preurejanja itd. Kromosomske nepravilnosti sčasoma privedejo do genetskih bolezni, kot so rak, neplodnost, sindrom Downa, Klinefelterjev sindrom, Turnerjev sindrom, levkemija itd. Obstajajo različne molekularne citogenetične metode za odkrivanje zgoraj omenjenih napak in bolezni. Med njimi sta FISH (fluorescentna in situ hibridizacija) in CGH (primerjalna genomska hibridizacija) dve močni tehniki hibridizacije. Vendar imata obe metodi prednosti in slabosti.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je RIBA 
3. Kaj je CGH
4. Podobnosti med FISH in CGH
5. Primerjava ob strani - FISH proti CGH v tabeli
6. Povzetek

Kaj je RIBA?

FISH je tehnika hibridizacije nukleinske kisline, ki se izvaja na delu ali delu tkiva, v celotnem tkivu ali celicah. Je metoda, ki temelji na sondi. Tehnika je odvisna od teorije komplementarnega osnovnega združevanja Watson Crick, ki ima za posledico bodisi DNA - hibride DNK bodisi DNA - RNA hibride, ki lahko tako zaznajo mutirane gene ali pa prepoznajo zanimiv gen. Nadalje ta tehnika uporablja enojne verige DNA, dvoverižne sekvence DNK, enoverižne RNA sekvence ali sintetični oligonukleotid, pripravljen z uporabo nikljevega prevoda kot sonde, ki so komplementarne genskim zaporedjem, ki vas zanimajo. Poleg tega je najpomembnejša lastnost te tehnike označevanje sond s fluorescentnimi barvili. Tako se sonde vežejo s komplementarnimi deli kromosoma in olajšajo zaznavanje.

Poleg tega je FISH zelo občutljiva in specifična metoda. Torej gre za običajno tehniko tako pri raziskavah kot tudi pri diagnosticiranju hematoloških malignosti in solidnih tumorjev. Toda, FISH kaže nizko ločljivost. Zahteva tudi predhodno poznavanje ciljne nenormalnosti, da oblikuje sekvence sond.

Slika 01: RIBE

Obstaja veliko aplikacij FISH, predvsem v molekularni diagnostiki nalezljivih bolezni, da se ugotovi prisotnost patogenov in potrdi patogen z molekularno diagnostiko. Poleg tega je FISH pogosto uporabljena tehnika na področjih razvojne biologije, kariotipizacije in filogenetske analize ter fizičnega preslikavanja kromosomov.

Kaj je CGH?

Primerjalna genomska hibridizacija (CGH) je še ena molekularna citogenetska tehnika, ki temelji na DNK, s katero lahko zaznamo spremembe genskih zaporedij DNA. Metoda je napredna metoda, ki lahko analizira kromosomske in genske spremembe, da odkrije spremembe ali spremembe v zaporedjih genomske DNK. Nadalje CGH zahteva izolacijo in fragmentacijo DNK iz eksperimentalnega vzorca in referenčnega vzorca. Nato je treba vzorce označiti z dvema različnima fluorescenčnimi barvili (običajno rdečimi in zelenimi). Kasneje se oba vzorca mešata in sta dovoljena za konkurenčno hibridizacijo. Končni korak je analiza vzorcev za spremembe v DNK, kot so podvajanje genov, izguba gena itd. Zlasti meri meritve razlik v številu kopije DNK med preskusnim vzorcem in kontrolnim vzorcem.

Slika 02: CGH

Zdaj je na voljo druga različica CGH; gre za naprednejšo metodo kot običajna CGH. Gre za tehniko, imenovano CGH na osnovi matrike ali aCGH. aCGH omogoča natančno identifikacijo genskih ali sekvenčnih delecij v več tisoč zaporedjih v enem samem poskusu.

Kakšne so podobnosti med FISH in CGH?

• FISH in CGH sta dve molekularni tehniki.
• Tako FISH kot CGH se zanašata na hibridizacijo nukleinske kisline.
• Obe tehniki potrebujeta tudi zasnovane sonde za odkrivanje specifičnih tarč DNA.
• Uporabljamo jih za predporodno in poporodno diagnozo genetskih bolezni.
• Poleg tega sta tako FISH kot tudi CGH zelo močna orodja za preučevanje genskih sprememb.
• Za označevanje sond uporabljajo fluorescentna barvila.

Kakšna je razlika med FISH in CGH?

RIBE je in situ postopek hibridizacije, ki uporablja fluorescentne sonde za odkrivanje specifičnih sekvenc DNK, medtem ko je CGH tehnika molekularne hibridizacije, ki zazna spremembe genskih sekvenc DNA. Torej, to je ključna razlika med FISH in CGH.

Poleg tega FISH zahteva predhodno poznavanje ciljne nenormalnosti za načrtovanje sosledskih sond, medtem ko CGH ne zahteva predhodnega znanja. Dodatna razlika med FISH in CGH je tudi v tem, da FISH kaže omejeno ločljivost, medtem ko aCGH kaže visoko ločljivost.

Spodnja infografija povzema razliko med FISH in CGH.

Povzetek - FISH proti CGH

FISH in CGH sta dve molekularni citogenetski tehniki, ki olajšata odkrivanje zanimivih genskih zaporedij. FISH olajša odkrivanje specifičnega zaporedja DNK na kromosomu s pomočjo fluorescentno označenih sond, medtem ko CGH olajša zaznavanje sprememb v genski DNK. Torej, to je ključna razlika med FISH in CGH.

Referenca:

1. "Fluorescenca v hibridizaciji sita (FISH)" Nature News, Nature Publishing Group, na voljo tukaj.
2. Hester, Susan D in sod. "Primerjava tehnologij primerjalne genomske hibridizacije na platformi Microarray." Journal of Biomolecular Techniques: JBT, The Association of Biomolecular Resource Facility, April 2009, na voljo tukaj.

Vljudnost slik:

1. »Multiplex ViewRNA test RIB v celicah Jurkat in HeLa« Ryan Jeffs - Lastno delo (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia
2. "Shema CGH" avtor Mbaudis (pogovor) (nalaganje) - lastno delo (CC BY 2.5) prek Commons Wikimedia