Razlika med BLAST in FastA

The ključna razlika med BLAST in FastA je to BLAST je osnovno orodje za poravnavo, ki je na voljo na spletnem mestu Nacionalnega centra za informacije o biotehnologiji, medtem ko je FastA orodje za iskanje podobnosti, ki je na voljo na spletni strani Evropskega inštituta za bioinformatiko.

BLAST in FastA sta dve programski opremi, ki se široko uporablja za primerjavo bioloških zaporedij DNK, aminokislin, proteinov in nukleotidov različnih vrst in iskanje njihovih podobnosti. Ti algoritmi so bili zapisani ob upoštevanju hitrosti. Ker so znanstveniki sredi osemdesetih let lahko laboratorij izolirali DNK v laboratoriju, se je pojavila potreba po primerjanju in iskanju identičnih genov za nadaljnje raziskave z veliko hitrostjo. Zato sta bila ta dva programska oprema razvita na način, da lahko uporabnik hitro poišče podobne sekvence z zaporedji poizvedb..

BLAST je kratica za Osnovno orodje za iskanje lokalne prilagoditve in za primerjavo obeh zaporedij uporablja lokaliziran pristop. FastA je programska oprema, ki se nanaša na Fast A, kjer A pomeni All. Tukaj programska oprema deluje z abecedami, kot so Fast A za zaporedje DNK in Fast P za beljakovine. Tako BLAST kot FastA zelo hitro primerjata katero koli bazo podatkov o genomih in sta zato zelo sposobna denarno in tudi prihraniti čas.

VSEBINA

1. Pregled in ključne razlike
2. Kaj je BLAST
3. Kaj je FastA
4. Podobnosti med BLAST in FastA
5. Primerjava zraven - BLAST proti FastA v tabeli
6. Povzetek

Kaj je BLAST?

BLAST je ena najpogosteje uporabljane programske opreme za bioinformatiko, ki je bila razvita leta 1990. Od takrat je na voljo vsem na spletni strani NCBI. Poleg tega lahko vsaka oseba dostopa do te programske opreme in jo uporablja. Poleg tega je BLAST programska oprema, ki potrebuje vhodne podatke ali sekvence v formatu FastA. Ampak, daje izhodne podatke v navadnem besedilu, HTML ali XML formatu. BLAST deluje na principu iskanja lokaliziranih podobnosti med dvema zaporedjema in na kratko navaja podobne sekvence, nato pa išče sosedske podobnosti.

Slika 01: Rezultati BLAST

Tako ta programska oprema išče veliko število podobnih lokalnih regij in daje rezultat pri doseganju mejne vrednosti. Vendar se ta postopek razlikuje od starejše programske opreme, ki najprej poišče celotno zaporedje in nato opravi primerjavo in s tem traja veliko časa.

Poleg zgoraj omenjenega preverjanja podobnosti ima BLAST še številne druge namene, kot je preslikava DNK, primerja dva enaka gena pri različnih vrstah, ustvarja filogenetsko drevo itd..

Kaj je FastA?

FastA je programska oprema za poravnavo proteinov. David J. Lipman in William R. Pearson sta to programsko opremo opisala leta 1985. Čeprav je bila prvotna uporaba te programske opreme primerjava samo beljakovinskih zaporedij, je spremenjena različica lahko primerjala tudi zaporedja DNK. Tukaj ta programska oprema uporablja načelo statističnega iskanja podobnosti med dvema zaporedjema. Eno zaporedje DNK ali proteina se ujema z drugim zaporedjem po lokalni metodi poravnave zaporedja.

Slika 02: FastA

Vendar išče lokalne regije za podobnost, ne pa tudi najboljše ujemanje med dvema zaporedjema. Ker ta programska oprema na trenutke primerja lokalizirane podobnosti, lahko pride tudi do neusklajenosti. V zaporedju FastA zavzame majhen del, znan kot k-tuples, kjer so lahko tupoli od 1 do 6 in se ujemajo s k-tuplemi drugega zaporedja. Ko doseže mejno vrednost, na koncu postopka ujemanja ustvari rezultat.

Kakšne so podobnosti med BLAST in FastA?

• BLAST in FastA sta orodji za bioinformatiko, ki se uporablja za primerjavo beljakovinskih in DNK zaporedij zaradi podobnosti.
• Prav tako oba programa uporabljata strategijo točkovanja za primerjavo med zaporedji.
• Poleg tega obe orodji dajeta zelo natančne rezultate.

Kakšna je razlika med BLAST in FastA?

BLAST je orodje za preverjanje podobnosti med biološkimi zaporedji. Po drugi strani je FastA še en program, ki omogoča preverjanje podobnosti proteinov in DNK zaporedja. Vendar je BLAST programska oprema v primerjavi s FastA zelo priljubljena, saj daje natančnejše in hitrejše rezultate. Zato je to razlika med BLAST in FastA. Poleg tega je program BLAST, za razliko od FastA, spremenljiv glede na potrebe uporabnika. Zato je to še ena razlika med BLAST in FastA.

Spodnja infografija o razliki med BLAST in FastA vsebuje več podrobnosti.

Povzetek - BLAST proti FastA

BLAST in FastA sta dva programa, ki uporabniku omogočata, da primerja svoje poizvedbeno zaporedje z zaporedji v obstoječih bazah podatkov in preveri podobnosti. Prvotni namen FastA je bil primerjati samo beljakovinske sekvence. Toda spremenjena različica te programske opreme omogoča primerjavo beljakovin in DNK zaporedja. Čeprav je FastA dobra programska oprema, večina ljudi uporablja orodje za poravnavo BLAST, saj je bolj priljubljeno in daje natančnejše in hitrejše rezultate kot FastA. Tudi orodje BLAST je mogoče spremeniti glede na uporabniške zahteve. Na kratko, to povzema razliko med BLAST in FastA.

Referenca:

1.Madden, Thomas. "Orodje za analizo zaporedja BLAST." Aktualna poročila o nevrologiji in nevroznanosti., Ameriška nacionalna medicinska knjižnica, 15. marec 2013. Na voljo tukaj 

Vljudnost slik:

1. "CCDC132 Blast Rezultati" avtorja NCBI Blast - NCBI Blast, (Public Domain) prek Commons Wikimedia  
2. "Področje promotorja FAM149A (format FASTA)" LarsonGCD - Lastno delo, (CC BY-SA 3.0) prek Commons Wikimedia