Ogromna polemika glede spletnega mesta Wikileaks in bližina njegovega imena Wikipedije sta mnoge spravila pod vprašaj, kakšna je povezava med tema dvema spletnima mestoma. Kratek odgovor na vprašanje ni nič. Wikileaks nikakor ni povezan z Wikipedijo ali Wikimedijo. Za razliko od Wikipedije, ki je spletna enciklopedija, ki jo poganjajo uporabniki, je Wikileaks spletno mesto, ki je namenjeno izpostavljanju informacij, ki sicer ne bi bile na voljo širši javnosti. Cilj Wikileaksa je razkriti zla družbe, kot sta korupcija in kriminal, in razkriti resnico o tem, kaj se je v določenih dogodkih res zgodilo..
Vsebine Wikipedije so večinoma dejanske in so na tak ali drugačen način že dostopne. Te lahko obsegajo osnovna znanstvena dejstva, zgodovinske dogodke, popularno kulturo in še veliko več. Po drugi strani so vsebine Wikileaksa večinoma zaupni dokumenti in sporočila vlad in organizacij, ki podrobno opisujejo njihove manj kot občudovanja vredne dejavnosti. Najpomembneje je, da je Wikileaks izdal sto tisoč dokumentov o ameriškem upravljanju in dejavnostih v vojnah na Bližnjem vzhodu. Nekateri trdijo, da lahko te informacije škodijo življenju vojakov, ki so tam napoteni.
Druga razlika med obema stranema je zakonitost njihovih dejavnosti. Delovanje Wikipedije je skladno z zakoni in vsako gradivo, za katerega velja, da je avtorsko zaščiteno, se takoj odstrani, da se prepreči kršitev. Narava datotek, ki jih je predstavil Wikileaks, pomeni, da je zakonitost njegovega delovanja precej vprašljiva, saj se ne pridobivajo na zakonit način. Zaradi tega se je Wikileaks soočil z velikim nadzorom zakonskih agencij v ZDA. Tudi druga podjetja so odklonila nadaljevanje poslovanja z Wikileaksom v strahu, da bi jih lahko obravnavali kot sostorilce česar koli počne Wikileaks; zadnji izmed njih je plačilni procesor Paypal.
V zvezi z interakcijo spletnega mesta z uporabniki se je zgodila tudi nekaj večjih sprememb. Wikileaks se je začel kot uporabniško urejen Wiki, tako kot Wikipedia. Zaradi spornih tem in želje drugih ljudi, da te podatke vzamejo s spleta, se je Wikileaks odločil, da se vrne na bolj konvencionalen slog objavljanja, kjer uporabnik, ki je posredoval informacije, pošlje osebju Wikileaksa in ti ugotovijo, ali je vredno objaviti podatke oz. ne.
Povzetek: