Čeprav obe predstavljata alternativna zdravila, je nenavadno, kako verniki teh dveh medicinskih znanosti nikoli niso primerjali enega z drugim, ampak vedno z alopatskimi zdravili.
Ajurvedski so v jugovzhodni Aziji v praksi za ione, homeopatija pa že tri stoletja. Oba pri zdravljenju bolezni sledita različni filozofiji. Medtem ko ajurvedsko zdravilo dopolnjuje znanstvena alopatska zdravila, je homeopatija proti. Verniki ajurvedskih zdravil trdijo, da biti naravni ne more škoditi nobenemu.
Ajurveda verjame v preprečevanje bolezni, medtem ko homeopatija temelji na ozdravitvi bolezni. Joga je del ajurvedske oblike medicine po vsem svetu uporabljena kot oblika zdravljenja in je v znanstveni skupnosti široko sprejeta. V ajurvedski medicini se zelišča in masaže uporabljajo v stiski in so pohvaljeni, ker so bolj naravni.
V ajurvedi verjamejo, da lahko človek ostane brez kakršnih koli bolezni, če strupe zadrži iz svojega telesa. Uporablja tudi peroralna zdravila iz zelišč in začimb ter kirurške postopke za odstranjevanje toksinov iz telesa; s tem ozdraviti bolezni in različne tegobe. V homeopatiji se bolezni pozdravijo z vnosom simptomov, podobnih simptomom bolezni, v precej razredčeni obliki. Verjame se, da bo to pomagalo življenjski sili pri nevtralizaciji bolezni in s tem ozdravitvi bolnika.
Po filozofiji homeopatije bolezni ne stikujejo, so pa vedno prisotne pri nas. Zdravniki homeopatije verjamejo, da so te motnje življenjske sile glavni razlogi za bolezni in jih je treba popraviti za ozdravitev bolezni.
Čeprav tako ajurveda kot homeopatija verjameta v pomembnost pozitivnega uma, se v obliki zdravljenja močno razlikujeta. Homeopatija je bila od nekdaj kritična do alopatskih zdravil in verjame, da bolezni, ki jih zdravijo alopatska zdravila, nikoli ne zapustijo telesa, ampak jih le umirijo in bolezni se bodo vrnile, ko učinek teh zdravil preneha.
Veljavnost teh zdravil bi vedno ostajala sporna, ne da bi se pri tem poslabšala druga.