GSO in ekološki izdelki zapolnjujejo večino trgovin. GSO so v veliki meri prisotni v predelani hrani, medtem ko se naravne sestavine uporabljajo pri pripravi organske hrane. Čeprav trenutno obstajajo nasprotujoče si študije o prednostih in slabostih njihovega vpliva na zdravje ljudi, je na splošno več polemik, povezanih z GSO. Naslednje razprave se poglabljajo v takšne razlike.
GSO ali gensko spremenjeni organizem je proizvod laboratorijskega postopka, ki vključuje umetno kombinacijo različnih genov; zato se uporablja tudi podoben izraz "transgeni" organizem. DNK lahko izvira iz živali, ljudi, žuželk, virusov in bakterij. Zelo veliko je zagotovilo, da ste že zaužili GSO, saj jih najdemo v skoraj vseh vrstah predelane hrane. Nekatere gensko spremenjene rastline v Združenih državah so tik, kanola, bombaž in soja.
Prvo ustvarjeno GSO sta leta 1973 ustvarila Herbert Boyer, raziskovalec in podjetnik, in Stanley Cohen, genetik in profesor Stanforda. Gensko razvita je bila bakterija, odporna na kanamicin, antibiotik. Ta razvoj je nasledil gensko spremenjeni miš leta 1974 Rudolf Jaenisch, profesor MIT. Po skoraj desetletju je bila leta 1983 ustanovljena prva gensko spremenjena rastlina, ki je napredovala do prvega komercialnega gensko spremenjenega paradižnika, ki je bil izdan leta 1994.
GSO stanejo manj, saj je njihovo množično proizvodnjo lažje vzdrževati. Prav tako manj škodljivcev napade takšne rastline zaradi modifikacije. Čeprav je GSO prinesel pomemben gospodarski dobiček, je bil tudi zloglasen zaradi povzročitve škodljivih učinkov na zdravje, kot so alergijske reakcije in celo rak; tako nosilec, Frankenfoods. Upoštevati je treba tudi, da obstajajo nasprotujoče si študije o prednostih in slabostih, saj nekateri raziskovalci ugotavljajo, da GSO ne predstavljajo zdravstvenih tveganj za ljudi.
Organic je opis za izdelke, ki niso bili predelani in pridelani z gnojili in pesticidi, ki ne vsebujejo kemikalij. Čeprav je bilo kmetovanje organsko že od njegove najzgodnejše prakse, se je gibanje za ekološko kmetijstvo začelo v 40. letih kot reakcija na industrializirano kmetovanje. Lord Northbourne je leta 1939 skoval izraz "ekološko kmetovanje", ko je napisal knjigo "Poglej v deželo".
Ekološka hrana je najprimernejša zaradi zagovarjanih zdravstvenih koristi, saj ne vsebuje umetnih sestavin in nenaravnih postopkov. Vendar so takšni proizvodi dražji zaradi višjih stroškov vzdrževanja in manjše letine. Poleg tega nekatere raziskave kažejo, da uživanje ekoloških izdelkov ne izboljša bistveno zdravja.
Ekološki proizvodi so zaradi stroškov vzdrževanja in donosa običajno dražji v primerjavi z gensko spremenjenimi. Na primer, kilogram navadne solate stane 2 dolarja, ekološka pa 3 dolarje. Cena ekološke hrane naj bi bila od 25 do 50% višja od običajnih vrst.
GSO so spremenili DNK (ki lahko izvira iz živali, virusa ali bakterij), medtem ko organski obdržijo prvotno gensko sestavo.
Običajno je potrebno več truda in financ za vzdrževanje ekološke kmetije zaradi večje občutljivosti škodljivcev, bolezni in surovega vremena. Po drugi strani so gensko spremenjene rastline bolj odporne proti škodljivcem in boleznim. Tudi GSO so pogosto zasnovane tako, da imajo višjo stopnjo proizvodnje in razmnoževanja.
Hrana in kmetovanje sta bila ekološka že od njenega nastanka, medtem ko je bila leta 1983 ustanovljena prva rastlina z GSO.
Znano je veliko nevladnih organizacij, ki zagovarjajo hrano brez GSO, nacionalni organski program Ministrstva za kmetijstvo ZDA (USDA) pa omogoča certificiranje ekoloških pridelkov. Po drugi strani ni zelo znanih organizacij, ki bi zagovarjale gensko spremenjena živila in olajšale tako specifično certificiranje.
Obstaja več polemik, povezanih z GSO proizvodi zaradi skrbi za zdravje. Več eksperimentov je ugotovilo, da imajo miši, ki uživajo gensko spremenjeno hrano, bolj verjetno, da trpijo zaradi bolezni v primerjavi s tistimi, ki so jedle ekološko hrano. Zato so nekatere države, kot sta Grčija in Francija, na svojih trgih prepovedale GSO hrano.
V primerjavi z gensko spremenjenimi rastlinami pridelavi organskih gredo zlahka, saj hitrosti razgradnje niso bile gensko zasnovane. Tudi organskega sadja in zelenjave ne škropimo s kemikalijami, zato so manj odporne na bakterije in druge povzročitelje propadanja. Poleg tega ekološka hrana nima konzervansov ali z njimi povezanih kemikalij, ki bi upočasnili kvarjenje.
Ankete so pokazale, da je več Američanov, ki so pripravljeni zapraviti za ekološke proizvode kot cenejše GSO. Očitno je veliko potrošnikov zaskrbljenih zaradi možnih negativnih vplivov transgenih organizmov.
V primerjavi z ekološkimi dobrinami so proizvodi GSO povezani z bolj etičnimi pomisleki, saj nekateri menijo, da se znanstveniki "igrajo boga" s spreminjanjem naravne DNK rastlin in živali. Nekatere organizacije se prav tako ukvarjajo z uporabo takšne tehnologije na človeških življenjih.